民国时期，国内最大的兵工厂发生离奇命案，死者被“幽灵子弹”所杀——犯罪现场找不到弹头。一时之间，疑云密布，人心惶惶，此案堪称民国第一奇案。此案交由警局内负责管理档案的政务警察松东路调查（刘青云 饰），担任文职的松东路既不会拳脚功夫也不懂如何开枪，却思想缜密，对破疑难杂 案有独特方法。一心为民除害的热血警探郭追（谢霆锋 饰）不容于警局贪污腐败氛围，联手松东路调查此离奇命案。　　如何开枪不用子弹？如何让子弹在穿入肉体的时候消失？松东路和郭追在枪和子弹上做了各种各样的研究，包括向猪身体发射盐子弹、冰子弹等等，却没有任何满意的结果。随着案情调查深入，两位警探抽丝剥茧地发现恐怖阴森的杀人密室和离奇的造弹装置，其诡异程度让经验丰富的松东路也瞠目结舌。就在“幽灵子弹杀人”真相揭开之际，松东路、郭追却接二连三遭人追杀，警察小五（井柏然 饰）在开枪掩护松东路、郭追逃亡之时惨死。结案期限迫在眉睫，算命姑娘小云雀（杨幂 饰）不经意间透露出“幽灵子弹”惊天秘密……

许乐（贾晓龙饰）一家在20年前遭遇了一场天灾，父母遇难，许乐也从此丧失了儿时的记忆，而曾经的遭遇却成了伴随许乐成长的噩梦。为了寻回记忆，许乐与令狐（郑希怡饰）来到小时候父母遇难的黄石岛一探究竟。不料当年救自己的陈伯（许绍雄饰）闭口不谈，而唯一愿意告诉真想的王汉明（王汉明 饰）却离奇死亡。当许乐与令狐找到当年另外一位当事人周浩成（李国麟饰）时，周浩成也陷入生命危急......

明朝洪武年间，良材县农官陈忠之女陈细妹（郑希怡 饰）继承了亡父的遗志，从小便有锄强扶弱之心，义字当头，成为良材县人见人爱的女护农。大利米店老板谢苍天（夏雨 饰）为感激圣上御赐九龙白玉碗，而将其子取名为谢皇上（马浚伟 饰）。谢皇上文采风流，自恃聪明绝顶，势要成为良材县为民请命的好官。谢苍天虽唯利是图，但为圆其子心愿，不惜重金捐官，让谢皇上当上了农官，还聘请了发誓不说话的师爷戴从文（黎耀祥 饰）和几名恶衙差给他。戴从文才高八斗，料事如神。在他的帮助下，谢皇上屡破奇案，两人惺惺相惜，合作默契，关系更为密切。此后，谢皇上接受戴从文的建议消解了与陈细妹的误会，并聘请她作为女护农。

　　卧底探员陈凤翔（陈小春 饰）在破获一宗社团大案之后，转任文职八年被反黑组重新招回。由于江湖上最令人头痛的黑社会头目正是陈凤翔当年的小弟张志强，陈重出“江湖”，加入以张少钧（陈国坤 饰）为首的反黑B1-1组与新晋恶棍展开周旋，其中不乏昔日好友与仇家，令陈一度进退两难，好在陈与队友在合作期间培养出互信默契。正值香港回归还有三年，黑帮打算乘势大干一票。陈在调查一宗龙头棍的失踪案件时，却发现了涉及香港黑社会百年历史的惊天大阴谋。

香港法证部高级化验师高安（黄浩然饰）、法医科高级医生闻家希（李施嬅饰）、西九龙重案组高級督察郭辉煌（谭俊彦饰），这「灭罪铁三角」带领着精英团队，用专业的法证科学，揭示惊人的预谋策划；用精密的法医知识，破解隐蔽的人体密码；用严谨的执法精神，披露震撼的罪恶真相！热血记者徐意（汤洛雯饰），童年憾事竟与高安紧扣牵连；法证专才水慧明（陈炜饰），遭至爱背叛顿成杀人疑凶；警队精英高靖（朱晨丽饰），锲而不舍追寻亲人被诱拐真相...... 　　谜团奇案，重重交错；冷血凶徒，幕幕惊心！人在做，天在看！「灭罪铁三角」坚守「邪不胜正，恶不抵善」的信念，誓为死者发声，替生者雪冤！