本作承接《奥特银河格斗2：巨大阴谋》，讲述奥特英雄们与阿布索留特人之间惊动银河的命运之战。　　同时新的奥特战士——雷古洛思奥特曼和阿布索留特人的战士——迪亚波罗亦将登场。

原田巧（内山昂辉 配音）似乎生来就要成为一名投手，在棒球运动上有着极大天赋的他一路走来收获了无数的赞美和荣誉。升入初中后，巧来到了风景秀丽民风淳朴的新田市，在那里，他即将开始初中生活。一次偶然中，一个名为永仓豪（畠中祐 配音）的男生，竟然接住了巧拼尽全力投出的球。两人的相遇让命运的齿轮开始了转动。 　　巧和豪双双加入了新田东中学棒球部，在那里认识了许多志同道合的朋友们——沉默寡言的队长海音寺一希（梅原裕一郎 配音）、温柔体贴的泽口文人（村濑步 配音）、自信满满的吉贞伸弘（齐藤壮马 配音）、不苟言笑的展西咏司（森岛秀太 配音）。

光之国受到不明敌人攻击，使得失去了一众新世代奥特曼的记忆，同时赛罗·奥特曼得到来自未来传送的新道具“次元卡读取机”，为了取回失去的记忆，新世代奥特曼们将要联手共同合作！

一种名为“卡巴内”的钢铁怪物忽然出现在人类社会之中，造成了巨大的恐慌。被它们袭击过的人类，会拥有起死回生之能力，并且亦开始袭击同类。在怪物猛烈的进攻之下，人类社会很快就四分五裂，幸存下来的人们建立起了城寨“驿”，靠着彼此互通有无苟且残存。驿与驿之间，唯一能够通行的交通工具是装甲蒸汽机车。生驹（畠中祐 配音）是一名以蒸汽锻冶为业的热血少年，他发明了武器“贯筒”，希望能够为消灭卡巴内贡献出自己的力量。一次偶然中，生驹邂逅了神秘的少女（千本木彩花 配音），与此同时，一场暴走事件的发生使得生驹所生活的显金驿彻底沦陷，卡巴内不断的产生着，生驹并没有选择逃跑，而是拿起武器，挺身而出。

住在青森的泽村雪从小听着外公松吾郎的津轻三味线长大，自己也弹得一手好琴，不过，却被外公说那只是在模仿他。　　松吾郎死后，听不见外公琴音的空虚令雪决定离开故乡前往东京。　　可是，不适应大城市的雪却在六本木被混混缠上，所幸路过的酒店公关优奈出手救了他，正朝著梦想努力的优奈在雪身上看见了自己，于是决定收留他……