四百年后的未来，一曾蔚蓝的地球黄沙遍野，自然环境极度恶劣。与之相伴，旧有的人类文明凋零殆尽，早先绝大多数幸存者迁往靠近地球的外太空，在名为迪瓦的设施中安顿下来。他们抛弃肉体，将自己的精神和灵魂投入迪瓦所构建的虚拟空间中，尽情享受没有丝毫痛苦的快乐。但是自称弗隆提亚·赛塔（神谷浩史 配音）的骇客让维护迪瓦网络安全的中央保安局坐立不安，为了彻底揪出这个神秘敌人，保安局派出三等官安吉拉?巴尔扎克（钉宫理惠 配音）回到地球调查。操纵先进机甲的安吉拉率先打败蜂拥而至的沙地巨虫，随后和前来接应的丁格（三木真一郎 配音）见面。两个性格全然不同的搭档一同上路，来到了弗隆提亚可能藏身的杰德小镇。 　　安吉拉在那里得知令人惊讶的事实，而她曾经所坚持的信念也开始动摇……

自西元20XX年，人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便开始对它进行研究，后来有人重建出来所谓的“神之语言”，并建立电脑程式以启动原始索哈尔，进行和上位领域的U-DO(上位领域当中的红色波动存在)连结的连结实验，但很不幸地，从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变移，使地球(游戏中所谓的“失落耶路撒冷”)几乎完从从宇宙中“消失”，人类因而被迫逃亡，离开地球。　　到了四千年多后，在故事开始前十五的T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的米尔奇亚冲突事件，在此次事件当中，米尔奇亚行星的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的攻击，并在冲突事件后消失，但事件的真相却因为米尔奇亚的消失而不为人知。在事件后，启动原始索哈尔（后来人类制造出了十二具索哈尔模拟体，因此原有的索哈尔就被称之为原始索哈尔）所需的神之语言、原始索哈尔的研究成果、米尔奇亚的U.M.N.座标等事物，都被封存在Y资料当中，而Y资料又被封存在百式观测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这么做却引起了各方势力对M.O.M.O.的争夺，因此星团联邦政府(游戏中统治各行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。　　另一方面，在米尔奇亚冲突事件结束后的十几年，也就是大约在游戏EPI开始的时候，当时最大的企业贝克达公司以对抗格诺西斯侵扰的名义，进行对格诺西斯用战斗兵器KOS-MOS的开发计划，但和当时多使用合成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情况所不同的是，KOS-MOS是个纯粹的机械制品。另一方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计划的贝克达公司第一开发局研究人员卯月紫苑，正乘着当时载有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途。但没想到其太空船却被冲著索哈尔而来的格诺西斯所攻击，而KOS-MOS也在此时突然启动，卯月紫苑因而被卷入一连串和格诺西斯及索哈尔有关的阴谋，以及会改变人类命运的事件当中……

鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）、卡卡西（井上和彦 配音）和小李（増川洋一 配音）四人接到新的任务，他们要护送月之国王子月满回国。月之国位于三日月岛，该国超级富有，他们的王子月满则俨然一个纨绔子弟的形象。受父王之命，月满带着儿子小光及众多随从周游列国，沿途买了无数的东西。所谓树大招风，不少歹徒打起月之国一行的主意。作为清贫的忍者，他们无法理解富人的一些做法。不过随着旅途的积蓄，鸣人他们渐渐了触摸到月满父子的内心世界，彼此间成为很好的朋友。漫长的旅行仍在继续，更多的艰难险阻等在前方……　　本片为《火影忍者》第三部剧场版动画。

美丽端庄的伊织（伊藤静 配音）是学校里的风云人物，甚至有狂热的粉丝在学校里专门为她组织了“后援会”。这样的伊织自然也吸引了一贵（野村胜人 配音）的注意，但一贵自知平凡无奇，选择了将感情深深地埋藏在心底。　　一起意外的发生令伊织陷入了困境，所幸得到了一贵和其好友寺谷（小伏伸之 配音）出手相助，才得以平安度过难关，伊织和一贵之间的关系也因此迎来了新的局面。就在两人距离越来越近之时，一贵久违的青梅竹马逸姬（中世明日香 配音）横插一足，对一贵发起了热烈的进攻，伊织因此误会了一贵真正的心意，在悲伤之中，她决心成全一贵和逸姬。

由人类改造而成的“水之星球”AQUA上，有一座著名的观光城市“新威尼斯”。15岁的水无灯里（叶月绘理乃 配音）从地球来到新威尼斯，憧憬着成为一名帅气的领航员，“领航员”的主要工作是划着凤尾舟载着游客领略水城的美景。她在一所叫亚利亚的领航公司中担任领航员工作，她先后结识了蓝华、爱丽丝等好友，还遇上被称为“三大水精灵”之一的艾丽西亚前辈。　　身为“半熟手”的灯里，尽管还不能熟练地出航招待客人，但她每一天都为梦想而努力着。在水之城新威尼斯上，乐天派的灯里和她的朋友们经历着各种各样的新鲜事，从这些与地球全然不同的际遇中，灯里渐渐地意识到要成为一名出色的领航员意味着什么。