某一天，一封招待信送到一群少女们的手中。这个招待信可不一般，那是融合了时尚、舞蹈、音乐等的孩子梦想的“美妙天堂”世界入场券。在那儿，每天都可以参加唱歌、跳舞、时尚的竞赛，而比赛实况也将通过电视和网络向全世界播出。如今的顶级偶像也都是从“美妙天堂”当中诞生的。主角啦啦和他的朋友们也对于“美妙天堂”的世界充满兴趣。不过啦啦的学校却禁止小学生参加这些活动……然而，因为一次奇妙的契机，啦啦第一次走进这个传说中的世界，结果还登上了比赛的舞台。那么啦啦的“美妙天堂”出道演出究竟会如何呢！？

动画《FREE! 男子游泳部》系列透过少年们对游泳的热爱，进而传递队友们之间如何相互磨合、激励，并共同追求梦想，是一部充满热血气息与正能量的青春物语。剧情将透过四个特别篇故事，描述即将从高中毕业的七濑遥、松冈凛等人，还有一群伙伴们如何迈向未来。

故事的舞台发生在战乱之时，Frost共和国与各国之间的战争给各地带来了深深的伤痕——饥饿、疫病、士兵的盗贼化……国土和人心的荒废让“战祸”愈演愈烈，为此而感到忧虑的帝国军决定设立陆军情报部第3课，俗称——Pumpkin Scissors，负责战后复兴的任务。在签订了被称为“薄冰的条约”的停战协定的3年后人们的困苦仍然没有解决,各种障碍浮现,陆军情报部第3课至今无法完成战后复兴。不仅被堆积得象山一样无意义的文件埋没，还因为臣民的不满无法抑制，过着被嘲弄为“辩解(宣传)部队”的每一天。但是，尽管如此仍然打算完成任务的他们，有一天，一个男人提出将帮助他们。那人是个力大无比、单手就可以持有大重量单发手枪的大汉，他是个退伍士兵…

暗恋着老师的十五岁别扭少年岩石友纪顿时大受打击。一路哭着跑回家的友纪一刚进家门，便有一位可爱的小女孩直扑上来将其压倒在身下。还未等他反应过来，小女孩便欢呼着喊其为“老公”，随后三名黑眼镜部队的大叔便将其按倒在地向其出示了由日本总理签署的结婚证书，这下子友纪彻底傻眼了。据黑眼镜部队的大叔们介绍，这名叫rizel的小女孩是最新DNA科技的结晶，是国家的最终武器，所以她的任何要求都可以得到满足。友纪的父母愁眉苦脸地向部队的人抱怨家里的经济状况不好时，三位政府人员非常爽快地表示：只要rizel住进岩石家，所有的费用包括房屋按揭，水电费及日常杂费全部由政府负担……

在外人看来，宫则雪野（榎本温子 配音）品学兼优，性格开朗，乐于助人，是个无可挑剔的完美女孩。可是一旦回到家里，她便立刻褪去伪装，穿着邋遢，脾气暴躁，最让人咋舌的是，雪野对于他人赞美的虚荣心膨胀到了极限。偶然中，雪野的双重性格被同班同学有马总一郎（铃木千寻 配音）发现了。但是，有马总一郎并没有因此而厌恶雪野，反而渐渐的被这样的双重性格所吸引。这究竟是为什么呢？原来，有马也有着属于自己的秘密。有马出生于医学世家，性情温和成绩优异。这样的他总是能得到大家的目光，但这目光同时也带给了他很大的压力。为了维持昔日的完美形象，他不得不掩盖其他那扭曲的黑暗性格，这让他身心俱疲。这样的有马遇见了雪野，痛苦的他逐渐意识到，其实他并不用时时刻刻都带着虚假的面具，起码在雪野面前可以不必如此。彼男和彼女之间，一丝特殊的情愫正在慢慢生长。