在巴黎，纳粹分子渗透到城市，奥地利难民医生爱上了一个神秘的女人。可第二次世界大战的爆发预示着这段爱情并不顺利！

致力于光学神经芯片项目的国防部高级研究计划局研究员艾玛曾是一名优秀的飞行员，但因为早年间的一次坠机事件导致她抗拒进入驾驶舱，但同时也激发她设计利用思维操纵飞机的灵感。当她和四位因伤残退役的飞行员同事对他们的科研项目进行飞行试验时，发现飞机模型与一头不明生物在空中缠斗。与此同时，艾玛的父亲本在天文台发现三个陨石坠落到地球，根据陨石碎片的成分分析，不明生物是来源于火星的拉尔加。此时，三个陨石坠落点的上空各有一头拉尔加盘旋，它们不仅喷射火焰和电流，还释放有毒物质，多座城市遭受破坏。眼看家园危在旦夕，艾玛决定将她的科研成果投入实战，为此她来到空军基地，对真正的战斗飞机进行改造。一向对她的科研项目嗤之以鼻的本此时决定全力支持女儿，并鼓励女儿克服内心恐惧。身为前飞行员的他亲自披挂上阵，首先与拉尔加在空中交战，随后他又发现拉尔加惧怕寒冷的弱点，最终与女儿携手将拉尔加消灭。

在墨西哥的原始森林里，Sacha（艾丽西亚·希尔维斯通配音）和Manu（德雷克·贝尔配音）是一对十分要好的朋友，他们每天在丛林里奔跑嬉戏，活的自由自在，仿佛世间从未有过任何纷扰。生性活泼好动的Manu对一切充满了好奇，这天，他不小心弄坏了一尊雕像，这尊雕像原本是供奉给森林之神的，闯下大祸的Manu就这样遭到了驱逐，被逐出森林的Manu再也不能与Sacha在一起了。这天，没有Manu陪伴的Sacha被狩猎者捉住，为了救出Sacha，也为了保护同伴赖以生存的森林，Manu开始了自己的作战计划！

城市在恢复平静后，大反派重新召集旧部卷土重来，并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球，忍者神龟莱昂纳多（皮特·普劳泽克 Pete Ploszek 饰）、拉斐尔（阿兰·里奇森 Alan Ritchson 饰）、多纳泰罗（杰瑞米·霍华德 Jeremy Howard 饰）和米开朗基罗（诺尔·费舍 Noel Fisher 饰）与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔（梅根·福克斯 Megan Fox 饰）、韦恩·芬威克（威尔·阿奈特 Will Arnett 饰），及面具义警凯西·琼斯（斯蒂芬·阿梅尔 Stephen Amell 饰）并肩作战打击恶徒。在史莱德（布莱恩·泰 Brian Tee 饰）逃脱拘留后，他与疯狂的科学家巴克斯特斯·托克曼（泰勒·派瑞 Tyler Perry 饰）及其两个笨拙的左膀右臂猪面和牛头联合，发布了一个控制世界的恶魔计划。在神龟们与史莱德及其同伙对抗的同...

双胞胎姐姐神秘失踪，Khemika（Kwan饰）不得不伪装自己来到Shanon（OM饰）拥有的Lerkwireeya公馆寻找姐姐失踪的真相，从未预想过的结果却令她大吃一惊，几近崩溃。