故事发生在1999年，那个不详的世纪之末。坐落在深山之中，由于不断的发生灵异事件而被称为“超自然学院”的私立学校里，迎来了它年轻强势的新一任校长——神代玛雅（日笠阳子 配音）。绝对不相信有超自然力量存在的玛雅，此行便是为了调查父亲里奇的死因而来，这样的她，遇见了一位名叫内田文明（水岛大宙 配音）的神秘男子，刚刚登场的内田，便说出了让玛雅吃惊的话语，他居然来自未来的2012年！　　这个形迹可疑的男子的话能够相信吗？2012年的世界是怎样的景象？一连串意外让玛雅逐渐相信了内田的说辞，而内田究竟为何而回到过去，这原因也渐渐的浮出了水面。

本剧以镰池和马所著的轻小说《魔法禁书目录》中的人气角色御坂美琴为主角的外传漫画《科学超电磁炮》改编。　　故事发生在面积占据东京都西部的三分之一，居住着230万名人口，其中八成人口是学生的巨大都市“学园都市”。学园都市和外部隔离，研究最尖端科技。所有学生都接受超能力开发，并大都借由药物、催眠术与通电刺激等方式取得超能力。有各种类型不同能力，以范围和威力分为无能力者（Level 0）、低能力者（Level 1）、异能力者（Level 2）、强能力者（Level 3）、大能力者（Level 4）和超能力者（Level5）。故事从学园都市最强的电击公主“超电磁炮”御坂美琴，某天认识了和黑子一样担任风纪委员的初春饰利开始......

混沌初开，世界分成东西二星，隔空向往，在龙之御使的守护下发展出迥异的文明。正值战国乱世的东之星，尾张傻瓜织田信长（宫野真守 配音）和属下明智光秀（樱井孝宏 配音）、丰臣秀吉（梶裕贵 配音）目睹了武田家强大战铠的惊人威力，内心受到极大触动。与此同时，西之星的美丽少女贞德·辉夜（日笠阳子 配音）因为能够听到天启，而被人们看作是恶魔附体的人。某天她遇见天才发明家列奥纳多·达芬奇（杉田智和 配音），达芬奇偷偷开走竹取号，带着贞德和最新研发的战铠“奥世铠”来到东之星。信长意外启动了西之星人无法操控的奥士铠，他俨然成为了传说中的救星王。他为贞德取名兰丸，这个女子从此成为愚者信长生命中最重要的存在。　　战国乱世，东之星和西之星的乱战也即将拉开序幕……

逢泽夏海（寿美菜子 配音）是正在读中学2年级的运动型少女，在居住的城市中，夏海有三个十分要好的朋友。作为网球搭档的，运动和学习都很优秀的水越纱季（高桓彩阳 配音），个性活泼可爱的旅馆家女儿花木优香（户松遥 配音）以及身材娇小个性沉默，对音乐有着狂热爱好的环凛子（丰崎爱生 配音）。　　在静冈县下田市这个宁静的小城市中，交织着四个少女小小的喜怒哀乐，她们一同上学，一同回家，一同分享各自幼稚的秘密。同样的，当嫌隙发生的时候，唯有坚实的友情能将四人维系在一起。这个夏天，这样的海边，少女们能够用相互的羁绊共同创造属于他们的奇迹吗？

为了追踪叛忍百足，五代目火影网手（胜生真沙子 配音）命令大和（小山力也 配音）率领小樱（中村千絵 配音）、漩涡鸣人（竹内顺子 配音）、佐井（日野聪 配音）等人前往楼兰。楼兰某处地下藏有蕴含巨大能量的龙脉查克拉，很久以前被第四代火影封印。而百足的目标则是解开封印，释放恐怖的力量。经过千钧一发的搏斗，鸣人变成孤身一人，他意外来到一座繁华的失落城市，在此遭到了傀儡部队的袭击，并得到神秘木叶忍者的救助。之后鸣人邂逅楼兰女王萨拉，而围绕这个美丽的女子，邪恶的阴谋正悄悄展开。时空错乱，旧日的影像浮现……　　本片根据漫画家岸本齐史的同名原著改编，是“疾风传”系列第四部剧场版。