铠武活跃的舞台是在一个新兴都市。以巨大企业为核心，经济十分繁荣，然而却有种闭塞的感觉，于是年轻人通过跳街舞驱散沉闷的气氛。在这些年轻人中间，暗地里流行着一种通过lock seed召唤小动物Invase，并让它们互相战斗的游戏。这些小动物Invase在游戏进行中会从打开的“异世界之门”现身，然而通往“异世界”的门却开始在世界各地开启，招来了威胁人类的危机。　　从异世界出现的怪物究竟是？它们的目的是？　　假面骑士铠武将如何拯救全人类的危机？他的对手骑士的命运会是？在混沌的现代社会，为贯彻信念而战，简直就是假面骑士的战国时代！用鲜艳的水果lock seed变身，厚重感满溢的骑士战斗要开始了!

一里波知（森下千咲 配音）是一个超级害羞的女孩子，只要是和不熟悉的人讲话，波知就非常的紧张，简直要咬到自己的舌头。八原香依（小原好美 配音）是波知的青梅竹马，也是她唯一的朋友，然而，在波知升上高中之时，香依竟然向她提出了绝交。复合的条件只有一个，那就是在高中毕业之前，波知必须要和班上的全部同学都交上朋友。　　为了满足香依的条件，波知非常的努力，但常常好心办坏事，闹出很多的笑料。但随着时间的推移，波知渐渐发现，虽然过程充满了波折和不确定性，但是交朋友，好像也并不是那么难的事情。

秋叶原——从新手到老手通通接纳，有着深厚包容力的街道。即使独自一人，只要去了秋叶原也会遇到理解自己的某人。可以做到、感觉能够做到什么事的自由场所，无论身心都可以尽情裸露在外的街道。　　在不论动画、游戏、女仆、偶像、废品、B级美食，全部都充满了“秋叶原”的这条街道上，与破缲者战斗，不会停歇的“BOY MEETS GIRL”的故事，就此开始！

特别喜欢游戏和金平糖的高中生白柳启，有一天，被一个自称是魅音的神秘女子卷入了战场。 魅音对聚集起来的人们说：“你们已经没有户籍了。” “请成为实验观测器吧。”在场的每人都被给予了特殊的能力参加各种项目。 下定决心要摧毁这一组织的启，以谁都无法预料的能力和罕见的“脑”能力为武器，新时代的头脑派能力战斗开始。

某日，一群使用风遁之术的空忍空袭火之国，无数民众和忍者遇害，形势危急。据纲手大人所言，这群不速之客正是在第二次忍者大战中落败的空之团，如今他们怀着复仇之心再次出现。卡卡西（井上和彦 配音）等人则负责侦查空之团的老巢，鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）、雏田（水樹奈々 配音）受命组成三人医疗小队，协助名医神农（石塚運昇 配音）前往其徒弟雨琉的家乡医治伤者。另一方面，病入膏肓的大蛇丸得知神农的再生之术业已完成，他命佐助（杉山纪彰 配音）前去寻找神农。这也促成佐助和昔日伙伴宿命的重逢…… 　　本片为《火影忍者》第五部剧场版动画。