在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子 配音）。与沉默寡言的绫波丽（林原惠美 配音）不同，明日香自信张扬，甚至有些自大，在和真嗣相处的日子里，彼此闹出不少的笑话。他们三人分别驾驶着零号机、初号机和2号机，抵抗了第八使徒猛烈的攻击，在这一过程中，淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生。不久后，第九、十使徒相继降临，真嗣他们面临着生与死的残酷考验…… 　　本片为福音战士新剧场版四部曲第二部。

在商业区附近的某条商店街角落，有栋挂着狗招牌的住商混合大楼，那间店就在那里的地下一楼。门上画了猫咪图案的餐馆──“猫咪西餐厅”。创业五十年以来，一直持续满足商业区上班族们的胃。虽然是西餐厅，但西餐以外的菜单也非常丰富，是间只有这点勉强称得上特征的普通餐厅。　　这么一间不起眼的小餐厅，在每周六都会对外公休，但是其实在这天都要迎接“异世界客人”的光顾：每到这天，店内的墙上就会出现一道门，这群客人不论是人族、魔族、鬼族、精灵族、蜥蜴人族、吸血鬼族、兽人、传说的魔龙（！？），都会从“门内”光临！　　那些触动来客铃、无论出身还是种族都五花八门的访客们追求的，是极为稀奇又不可思议的美味料理。不对，那些都是商业区的人早已看惯并吃惯的料理。不过对“星期六的客人”＝“某个世界的人们”来说，全都是前所未闻的料理。“某个世界”的人们，将能端出特别极品料理的“猫餐厅”称作──“...

　　在未来世纪（Future Century，F.C.）由于地球严重被污染，人类移往宇宙殖民星，建立了新中国、新日本、新美国等殖民星国。各国在地球虽然还存有领土，但已受到严重的忽视。　　为了避免战争，各国决定以一场高达擂台赛(Gundam Fight，高达武斗)来决定各殖民星国对地球的统治权。比赛每四年一度，以地球为擂台，每个国家（殖民星）派出一位代表参赛，一对一以高达对战，直至只有一名胜利者。胜利者所属国家可擭得各殖民星国及地球管理权四年，直至另一个国家在下一次高达对决获胜。　　而活在地球上的居民，便要忍受在各国代表在对战时所造成的破坏。　　故事发生在未来世纪六十年开始，当时正开始第十三届高达擂台赛。故事的主角，来自新日本的code error!，为了追寻盗去以DG细胞三大理论，自我增殖、自我再生、自我进化设计出来的code error!(Devil Gundam)的兄长，决定参加这一次的高达对决，故事就此展开。

　　在英国某个村庄，吸血鬼和食尸鬼横行霸道，祸害人间。旨在消灭反基督怪物的皇家国教骑士团（Hellsing）派出强大、恐怖的吸血鬼杀手阿尔卡特，阿尔卡特打败邪物，也间接将倒霉的女警察西洛斯·维多利亚变成吸血鬼，进而成为Hellsing的一员。此后不久，Hellsing总部遭到近乎毁灭性的入侵，随着各种离奇事件层出不穷，一个名为“千禧年”的邪恶组织慢慢浮出水面。他们全由纳粹战败军官组成，为了一雪二战之耻，这群战争狂人不惜制造一支吸血鬼军团。搅合了多方势力的正邪大战就此拉开序幕……　　本片根据平野耕太同名漫画改编，系该作品的TV版，后被制作成OV重新发行。

成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。