《开心超人联盟之英雄归来》将延续上一部的故事展开。超人们告别了小宅从过去回到现在，继续守护星星球。然而现在的星星球有更大危机等着他们：司令寄给大大怪一个神奇的披风，能拿出很多道具增强怪兽的能力，好让大大怪和小小怪更容易侵略星星球！那个神秘的4451是什么意思，也解开了：原来这四个数字竟然是司令寄给大大怪与小小怪用来毁灭星星球的终极武器的代号！　　为了应付这个危机，超人也继续在超星学院提升自己的技能，更好地守护这个星球。同时，一直离开的战神伽罗被阿德里星的三位长老救活重生，并在一个名叫阿奇的阿德里星小男孩帮助下重新和小心超人相遇，回到超人的团队，与大家一起并肩作战，共同守护星星球！

天元的宇宙决战后，濒死的罗煞在千钧一发之际，被远古超文明时代爆裂帝王——猎天魄所救，来到地球。罗煞为了复仇，企图集齐6枚隐藏在遗迹里的爆裂晶片，复活猎天魄，利用其征服世界。飞伦和擎锋从天元宇宙胜利归来，高兴之余在极寒之境遗迹中再度遇见被打败的罗煞，得知其意图复活猎天魄、统治世界的野心。于是飞伦、擎锋与周皓博士联手，开始了抢夺爆裂晶片、阻止猎天魄复活的行动，踏上了前往世界各地的遗迹之旅。

人类的世界惊现原始恐龙，阿莱达星兽基地被恐龙凶兽龙始祖入侵等一桩桩怪事为何发生？答案竟和龙源纪的一道镇守令——龙的密令遗失相关！斗龙战士们将如何对抗这股来路不明的黑暗力量？他们将会面对怎样的重重磨难？人类世界能否回归和平？带着这一系列的疑问，斗龙战士们，开启新的旅程吧！

超人联盟缴获了一个预言球，预言球预言星星球谜瑞岛的人鱼公主会变成泡沫消失，并引起星星球海洋危机。五超人接到超人联盟的任务，前往谜瑞岛人鱼部落阻止预言发生。没想到魔法师乐呵呵还是夺走了人鱼公主的歌声，让人鱼公主变成了泡沫，超人们未能阻止预言的发生。最后不放弃的超人们合力打败了乐呵呵，救回了已经变成泡沫的人鱼公主，同时拯救了海洋世界。

星星球机器人感染木马程序开始伤害人类，由于这种木马程序年代久远，只有过去的时空才能研发出来，于是开心超人回到过去的灵光星，寻找能清除木马程序的和平代码。但没想到的是，开心超人居然回到了和平代码还没有研发成功的时空，此时人类与机器人处于矛盾大爆发的时候……