《机动战士高达 THE ORIGIN》系列的第6作。继续讲述了因父亡故而变成孤儿的卡斯巴尔与阿尔黛西亚，在动荡大时代的洪流之中，面临的又一场人生巨变……标题中的“赤色彗星”便是夏亚·阿兹纳布尔的称号。由于夏亚的机体无论是扎古、大魔，还是后来的沙扎比等都是红色的，夏亚操纵 这些机体风骚地驰骋在战场上，故被敌人称作“赤色彗星”。

　　一个名为“阿卡姆”的民间组织受到远古文明留下的讯息启发而成立。旨在保护及封印超古代文明的危险遗迹。加入“阿卡姆”的特殊工作人员，人们称之为SPRIGGAN。其中实力No.1的特工是一位叫作御神苗优（森久保祥太郎 配音）的十七岁少年。在土耳其的一次调查工作中，“阿卡姆”竟无意地发现了诺亚方舟。方舟隐藏着毁天灭地的神秘力量，于是很多组织都开始窥伺这个传说中的远古遗迹。美国派出了半机械改造人小队与“阿卡姆”展开激烈的遗迹争夺战。而其中一个以神自称的改造人少年竟想私自利用挪亚方舟引发第二次洪水灭世……御神苗优是否能够阻止这一疯狂的计划呢？世界将会走向灭亡吗？

【STORY】 　　故事舞台发生于大家所熟悉的日本北海道“瓦古娜利亚”的家庭餐馆。在“瓦古娜利亚”里工作的，全是极具个性及形象的人员，包括迷你控的小鸟游宗太、人家一点也不小的种岛白杨、恐惧男性却又殴打男性的伊波真昼、以及常携带日本刀上班的轰八千代等，每天看著他们的互动真的使人十分开心。 　　【STAFF】 　　原作：高津カリノ 　　监督：大槻敦史 　　系列构成：吉冈たかを 　　角色设计?总作画监督：足立慎吾 　　音楽：MONACA 　　制作：A-1 Pictures 　　【CAST】 　　小鸟游宗太：福山润 　　种岛白杨：阿澄佳奈 　　伊波真昼：藤田咲 　　轰八千代：喜多村英梨 　　白藤杏子：渡边久美子 　　佐藤润：小野大辅 　　相马博臣：神谷浩史 　　小鸟游一枝：白石凉子 　　小鸟游泉：日笠阳子 　　小鸟游梢：伊藤静 　　小鸟游荠：齐藤桃子 　　音尾兵吾：中田让治 　　松本麻耶：川濑晶子 　　真柴阳平：中村悠一 　　真柴美月：户松遥 　　ほか

随着“地狱之门”的出现，美丽的星空被掩盖，取而代之的是用来监视“契约者”行动的虚假星空。“契约者”是接触了“地狱之门”里的物质后，获得超能力的人。作为被选中的人群，他们冷酷、无情，让人充满畏惧与疑惑。各种神秘组织为了自身利益，利用契约者的超能力展开混战。 　　本来不是契约者的黑，为了妹妹白，不得不违背自己的意志加入战斗，并与契约者琥珀相爱。可是他渐渐发现琥珀背叛了组织，也背叛了自己；在神秘事件后妹妹也失去踪迹。愤怒的黑终于成为真正的契约者，被人称为黑色死神，被诅咒的契约者。 　　在执行组织任务中黑再次遇到琥珀，而琥珀的言行愈加充满神秘，似乎背叛之下有着许多难言之隐。为了找到妹妹，黑追踪着琥珀，渐渐的看到混战背后更大的秘密。黑能否找到妹妹呢？他该为自己和契约者的命运做出怎样的抉择？

神赐之门“Divine Gate”打开后，常界、天界和魔界3个世界出现交集，带来了交织着欲望和战争的混沌时代。为了令世界恢复和平，一个名为“世界评议会”的组织结成了。而当世界恢复和平后，这个组织就变成了一个都市传说，直到名为“适合者”的少年少女们再次集结，开始探索神赐之门……