故事发生在二十一世纪末，彼时，魔法早就已经不再仅存与神话和传说之中，而是同科学与超能力融合，成为了人尽皆知的存在。国家甚至成立了魔法大学附属第一高校，专门培养此方面的人才，以便更好的为国家效力。　　司波达也（中村悠一 配音）和妹妹司波深雪（早见沙织 配音）是魔法高校的新生，深雪是能力优秀的“花冠”，而达也则是作为其替补的二科生“杂草”。在学园中，兄妹两人结识了许多有趣的同伴们——个性大大咧咧不拘小节的千叶艾丽卡（内山夕实 配音）、文静胆小的柴田美月（佐藤聪美 配音）、正直勇敢的西城雷欧哈鲁特（寺岛拓笃 配音）、认真努力的吉田干比古（田丸笃志 配音），在学习的过程中，存在于学园之中的秘密也在逐渐揭晓。

　　和他同乘一班列车的少女桂言叶（冈嶋妙 配音）让伊藤诚（平川大辅 配音）久久不能忘怀，两人看似遥远的距离被日复一日的电车生活慢慢拉近了。在青少年间有一个传说，如果把喜欢的人的照片设置成为手机背景并且3个星期不被人发现的话，就可以实现成为恋人的愿望，虽然诚并不相信，但为了抒发他对言叶的感情，他仍然照做了。诚的同桌西园寺世界（河原木志穗 配音）发现了诚的秘密，热心的她决定帮助诚达成他的愿望。但在这过程中，西园寺世界发现自己对诚的感情有了微妙的变化，看着满眼只关注着言叶的诚，西园寺世界的心情非常复杂。　　诚终于向言叶坦白了自己的心情，两人相约在车站见面，然而满心欢喜来到车站的诚却发现，等待着自己的是西园寺世界。天生优柔寡断的诚无法妥善的处理这复杂的三人关系，一系列不负责任的错误选择把诚推向了无法挽回的悲剧之中。

　　为了陪伴患有哮喘的弟弟星野歩（大桥步夕 配音）去乡间修养，星野一马（浅沼晋太郎 配音）毅然决然的放弃了学校的课程，来到了宁静祥和的山比古町。哪知道，刚刚到达没多久，就发生了让一马心跳加速的意外事件——自己和名叫中津川初（中村绘里子 配音）的陌生女孩子接吻了。虽然中津一副无所谓的样子，但从此，一马成为了她目光无法移开的焦点。　　在小镇里，住着各式各样性格单纯而又善良的人们。容易害羞的神社女巫神本圆佳（清水爱 配音），目睹了意外之吻的傲娇娘日向伊吹（青叶林檎 配音），成熟稳重的大姐姐藤堂䌷（高桥智秋 配音）等，在这些可爱女孩子的环绕下，一马能否坚守最初的约定？

　　太一等人因为狮子兽的死产生了动摇，而光子郎则提议找出缅因猫兽被感染的真相。但作为缅因猫兽主人的芽心却想不到为何缅因猫兽会被感染。　　为了防止其他数码宝贝被感染，光子郎在办公室建立了隔离区，然而巴达兽却已经出现了被感染的征兆……此时，数码宝贝们告知了大家一个有关数码宝贝世界的重大秘密。面对秘密的真相以及再度出现的缅因猫兽，太一等人陷入了苦恼当中，而在各自的想法碰撞中，他们也做出了自己的决断……“如果总是想着总有一天会怎么样的话，那么就不知不觉要成为大人了哦。”现在，冒险再度进化。

故事讲述了在L.C.922年，人们正在面对空前的危机。在神话世界的百年战争终结后，败下阵来的魔神们为了在地上寻求新的安居之处，向人类世界袭来。背负着守护街区宿命的警察特殊机关ALCA，旗下年轻的定理者们被强制与拥有特殊能力的异世界女神们合体，进而投身战场之中。