- 宫藤芳佳加入了人类防线“第501统合战斗航空团”！……但关键的敌人·涅洛伊却迟迟不来，众人过着并非战斗而是忙于炊事洗衣的每一天。一边被充满个性的队员们折腾得团团转，时而吐槽时而响应，芳佳与愉快的魔女们怪怪的日常开始了！
- 为了对抗突然出现的人类之敌「涅洛伊」，世界各国组成了联合军。但能够与他们对抗的，仅有具备特殊魔力的少女们而已……。由联合军主导的柏林夺还作战终于启动，再次成军的第501统合战斗航空团「强袭魔女」，在新的501成员「服部静夏」加入后，与涅洛伊的殊死战斗逐渐扩大化！究竟柏林的天空能否得到解放！？
- C.E.70年2月，地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候，少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后，背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后，他成为了ZAFT的战士......
- 公元2176年，位于太阳系附近的恒星多鲁突然发生爆炸，巨大的能量使附近的宇宙空间充满了大量电磁波。太阳系也受到了波及，严重的电磁辐射使地球的自然环境发生了巨大的变化，变得不再适合于人类的生存。于是，人类开始了一场异常浩大的移民工程。 180年后，到了公元2356年，人类在地球、火星、土星、木星等各行星上都建立了巨大的宇宙基地，而为了在这些宇宙基地间建立有效的联络，在各行星之间还建立了许多太空站。在其中的一座空间站上有一座名叫“星之路”的宇宙学院，这座学院的任务就是培养有能力完成特殊任务的少年宇航员。本作的主人公片濑志麻就是这座学院中的一名学生。刚进入学院，片濑志麻和其他学员一样对新的学习生活很不适应，但同龄人之间的友情使大家都得到了不小的帮助，生活也渐渐进入正轨。片濑志麻还认识了一个名叫音山光太的男孩，两人很快就成为了好朋友。而且，一种朦胧的恋情也渐渐的在他们之间产生。平静的生活并没有维持多久，学员们开始接受严酷的训练，更有关系到地球存亡的重大任务让他们去完成，志麻和他的同学们能经受住这样的考验吗？
