在风景秀丽，气候宜人的王冠市，即将举行神奇宝贝足篮世界杯比赛，届时，大批的观众和训练师会涌入此处，整个城市将会陷入一片欢乐的海洋之中。小智（松本梨香 配音）一行人正在前往王冠市的路上，旅途中，他们遇见了名为索罗亚的神秘神奇宝贝，它不仅能够幻化成人类的姿态，还能够通过心电感应和人类交流。　　小智和索罗亚结伴前行，哪知道王冠市竟然发生了神奇宝贝暴动事件，雷公、炎帝和水君本是城市的守护神，却不知为何向市民们发起了进攻，城市之中一片混乱景象。这一切的始作俑者是名为克林克斯（阵内孝则 配音）的企业家，而他亦是索罗亚想要寻找的同伴。

本次《地狱篇》将由原作者久保带人老师亲自主控，而另一个让人振奋的消息则是，在本作剧场版中，将会出现在原作里给人以强烈印象的完全虚化版一护。这是完全虚化的一护首次在剧场版上登场演出，再加上久保老师的剧本保证，相信这支剧场版定会取得不错的成绩。

尾行琳（水树奈奈 配音）的母亲是一位著名的芭蕾舞演员，母亲优雅的身姿深深的映在琳的眼眸深处，琳以成为和母亲一样的芭蕾舞演员为目标开始了努力。然而，一场大地震夺走了母亲的生命，之后，琳又因为受伤而再也无法跳芭蕾，无奈之中放弃了梦想。 　　琳进入了武藏野文艺大学，成为了校园中的新鲜人，某日偶然之中，琳来到了“Rideback部”门前，推开门，见到了名为菱田春树（上田佑司 配音）的男子以及一台“Rideback”，这一瞬间，琳的命运被改变了。成熟稳重的基弗（森川智之 配音）、大大咧咧元气满满的片冈珠代（朴璐美 配音）等人接二连三的出现在琳的身边，他们同为Rideback的骑手，拥有同样澄澈向往自由的灵魂。

某天，独居在森林里的魔女艾丽莎（声优：古贺葵）捡到了人类婴儿。艾丽莎替婴儿取名为「薇奥拉」，并决定扶养她。十六年后，薇奥拉（声优：水树奈奈）不只变成超级恋母的女孩，连个子和上围成长的幅度都超乎预料…

在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……