- 省吾達の帰還から数百年が経った時代。人々はコンピューターシステムに支配された街「エデンシティ」で暮らしていた。それは、かつての人類の過ちを繰り返さない為に取られた手段だった。しかし、その支配を嫌ったレジスタンスによる反攻作戦が開始される。 そして明らかになった支配者ウォン・ダイの正体は、あの矢作省吾だった。地球に帰還した際、彼を7Gのオペレーターと認めなかったクリエーター達は、バーチャルではなく人間であるオリジナル・イヴと彼との接触を恐れ、システムの操り人形ウォン・ダイと化してしまったのだった。 省吾はその支配から開放された直後、後を本作の主人公であるエイジ・タカナカに託して死んでしまう。それを知ったイヴは単身、A.D.A.M.へ向かう。人々を救う為……。
- 幕府时代末期,外忧内患,山河动荡,百姓生活困苦,且生命时刻受到威胁。少年心太因其善良纯洁之心感动飞天御剑流高手比古清十郎,被其收入门下学习剑法,更名剑心。 在国家危难之际,年轻的剑心怀揣改变时代的梦想下山,加入奇兵队,日后更被桂小五郎纳入麾下,以刽子手的身份为时代的变革尽一份绵薄之力。年仅15岁的剑心接连刺杀多名政府要员,令对手闻风丧胆,直到某一天,一名下级武士在他的脸上留下一道无法愈合的伤疤。 来至京都寻找爱人的雪代巴邂逅了剑心,正是眼前这名瘦弱的男子将爱人从她的生命中带走。巴走入剑心的生活,随之经历了政治斗争的血雨腥风和田园乡下的宁静淡雅。也许她正是剑心那把狂舞之刀的刀鞘,但在大时代的背景之下,两个人的渺小幸福一触即碎……
- 宇宙世紀(U.C.)0093年,成為新吉恩總帥的夏亚·阿兹纳布尔對於依然被地球重力所束縛的人類靈魂感到絕望,決心以激烈的手段加以肅正。查知此事的地球聯邦軍王牌駕駛阿姆罗·雷與其所屬的朗德·贝尔艦隊一起與夏亚所領導的新吉恩軍展開最後的決戰...