为了纪念着一去不复返的夏天，喜爱摄影的少年雾岛海人（岛崎信长 配音）决定和朋友们自导自演一部影片。正当影片准备动工之时，陌生女孩贵月一花（户松遥 配音）的身影吸引了海人的视线。海人被一花的外表和性格深深的吸引着，而这位行为举止有些怪异的转学生似乎隐藏着什么不可告人的秘密。　　长相幼稚身材却姣好的谷川柑菜（石原夏织 配音），成熟稳重的石垣哲朗（荻原秀树 配音），性格胆小容易害羞的北原美樱（阿澄佳奈 配音），个性诡异不可琢磨的山乃柠檬（田村由加莉 配音），无论结局怎样，在这样的盛夏，和朋友们在一起度过的每一天，都将成为海人无法忘却的珍贵记忆。

妹妹公主RePure 是一些小情节故事的合集，每一话由两个部分组成，第一部分是一个独立的小故事，第二部分是以12个姐妹中的一个的为主题的短故事。

故事舞台是在现代的意大利都市，政府机关“社会福祉公社”表面上是收容重伤残障的少女给予医治和帮助职业训练的福利机构，但实际上是将收容的少女加以义体改造并投入药物加以洗脑制约使其成为对抗恐怖份子的尖兵。每位少女都搭配一位辅佐官，而这组合称为“fratello”是意大利语中“兄妹”之意，每位少女对其辅佐官都有制约造成的混合了爱情及亲情的绝对忠诚。跟社会福址公社敌对的恐怖组织是被称为“五共和国派”的组织。该组织的政治诉求，是响应以意大利北部为据点的“北部同盟”（Lega Nord）党首Umberto Bossi所提倡，意大利北部8省与中部3省（包括托斯卡纳（Toscana），翁布里亚（Umbria），马尔凯（Marche））应该自意大利共和国分离独立的主张，并依此实行武装抗争运动的组织（但在现实中的意大利并无此组织，真实存在的北部同盟也不支持恐怖活动）。

藏原走（大冢刚央 配音）是一名性格非常内向的大学一年级男生，不善言辞的他总是习惯用跑步来抒发内心里的情感波动。一天深夜，正在跑步的阿走遇见了名叫清濑灰二（丰永利行 配音）的男子，这个散发着独特魅力的男人主动向阿走搭话，并且向阿走介绍了他所居住的名为竹青庄的公寓。　　就这样，阿走在半推半就之下成为了竹青庄的第10名住户。虽然日常打打闹闹但相互非常信赖的城太郎兄弟、被称之为神童，但阿走却觉得他有些古怪的杉山高志（内山昂辉 配音）、热衷于看电视猜谜节目的坂口洋平（北泽力 配音）、性格轻浮却异常讨厌烟味的高材生岩仓雪彦（兴津和幸 配音），和阿走共享着这幢破旧的公寓的，是这些性格稀奇古怪的人们。

　　完美的班长，羽川翼。　　身为阿良良木历恩人的她　　在黄金周的第一天，被一只猫所魅惑了——　　那是，被某人禁止的游戏……人变成兽的物语。　　被封印的那「恶梦的九日」，如今终于要展露其身姿了！　　这才是现代的　　怪异!怪异!怪异!　　这是不知不觉间，坠入其中的初恋。