妹妹公主RePure 是一些小情节故事的合集，每一话由两个部分组成，第一部分是一个独立的小故事，第二部分是以12个姐妹中的一个的为主题的短故事。

十年前，东京出现了一个不能解释的领域。从那片领域走出的人获得了一种特殊的超能力——可以随意夺取他们的性命。却如恶魔般从此失去了梦与心。那片神秘的区域被叫做地狱门，而那些因此获取超能力的人被叫做契约者。美国的CIA，英国的MI6，日本的警视厅统统对神秘的地狱门进行了调查研究，甚至那个庞大的神秘组织潘多拉也开展行动，妄图消灭契约者们。知道真相的契约者们则团结在一起进行对抗。而另一方面，有着“黑之死神”之名的黑（木内秀信 配音）接受命令执行着组织的任务，同时也一直在寻找5年前失踪的妹妹。在执行任务的过程中黑偶遇之前的恋人琥珀（川上伦子 配音），发现眼前此人似乎隐藏着一些不为人知的秘密。 　　究竟黑会不会知道琥珀真正的身份？他和妹妹是否能重逢？而人类和契约者的情况会如何发展？

小糸侑（高田忧希 配音）是一名平凡的女子高中生，也是朋友们心目中的“好好先生”，可只有她自己心里明白，每当自己面对别人付出的感情时，都会感到巨大的隔阂。喜欢帮助别人也并不是因为自己天性如此，只是不懂得如何拒绝而已。 　　这样的阿侑，在某一天意外的收到了异性好友的告白，不知道该如何应对的阿侑在机缘巧合之下向学生会会长七海灯子（寿美菜子 配音）发起了求助。七海在学校里人气极高，向她告白的人络绎不绝，但她总是冷若冰霜不为所动，然而让阿侑没有想到的是，从她的口中，自己竟然听到了“我喜欢你”的语句。

于一个从未迎接过光明的地方AG(阿帕葛兰多，即琥珀之地)，无论是首都还是人工太阳无法照射到的危险土地，都有着冒险替人们递送信件的邮差。人们称这些时刻赌上自己的性命，排除万难，把寄托着人的“心”的信安全运送的邮差为“信蜂”。　　四面环海的GA国是由三个区域组成了严谨的阶级系统，拥有人工太阳是首都“晓”，是上层阶级特定人群的高级都会。然后是中产阶级们的都市“尤萨利”，还有聚集了下等阶级贫苦居民的第三区域“悠达卡”。　　在这三个区域间，有着只放行持有政府发放的通行证的人的“桥梁”。而那颗小小的人工太阳只为照耀首都而存在着，世界深不见底的黑暗所包围。　　在这样一个世界里，有着充当连接人心的桥梁的邮差——信蜂。