海底小纵队是一群活跃在海底的小小探险家，集结了巴克队长（北极熊）、皮医生（企鹅）、生物学家谢灵通（海獭）、摄像师达西西（腊肠狗）、机械工程师突突兔（兔子）、小队中尉呱唧（小猫）和章教授（章鱼）7名伙伴。在巴克队长的带领下，一直向着未知的海域不断探索前进！巴克队长和皮医生为了送小章鱼酷巴回家，结伴前往加勒比海。然而他们在途中遭遇了突发事件，必须穿过丛林，探索神秘的洞穴。在小纵队其他队员的支援下，他们展开了全新的探险之旅……

　　冒险始于1906年的旧金山，文学评论家汉弗莱在萨克拉门托渡轮。此后不久，在大雾中轮船与一货运船舶相撞。汉弗莱在水中漂流，半死不活最后被帆船“鬼”救起。 这个猎人“鬼”听令于拉森，拉森将太平洋航行看作最喜欢的狩猎场，他是残酷的队长，没有任何同情心，他愤怒地拒绝把汉弗莱救上岸。为了生存，汉弗莱必须尽快适应航海世界无情而粗暴的法则。

冒险始于1906年的旧金山，文学评论家汉弗莱在萨克拉门托渡轮。此后不久，在大雾中轮船与一货运船舶相撞。汉弗莱在水中漂流，半死不活最后被帆船“鬼”救起。 这个猎人“鬼”听令于拉森，拉森将太平洋航行看作最喜欢的狩猎场，他是残酷的队长，没有任何同情心，他愤怒地拒绝把汉弗莱救上岸。为了生存，汉弗莱必须尽快适应航海世界无情而粗暴的法则。

可爱的母海豚温特如今已经成为了全美国家喻户晓的明星动物了，和小主人索亚以及管理员卡梅伦博士一起，温特在克里尔沃特海洋馆里安了家，时不时进行一场愉快的表演，收获观众们的赞美与掌声本以为曾经的风波已经远去，美好的生活即将继续，就在这个节骨眼上，美国农业部发布的一条规定令索亚一行人再度陷入了困扰之中。规定中，温特唯有找到伴侣才能够继续留在海洋馆，否则的话，它将被放回大海，回归自然。就这样，卡梅伦博士开始忙起了为温特“相亲”的事宜，哪知道这件事情真正做起来却是如此的困难。

蔚蓝宁静的大海中，生活着一对好朋友，大白鲨大猪和小竹鲨泡泡，他们终日在珊瑚礁之间穿梭游弋，注视着即将来到这个世界上的同类小伙伴。可是，贪婪的人类潜至洋底，肆意捕捞鲨鱼卵，只为满足口腹之欲。与此同时，无良的现代化工厂任意倾倒废水废料，蔚蓝的大海变得污浊不堪。大猪和泡泡各有各的烦恼，大猪一直都以轮胎为食，如今却希望能尝尝新的食物；泡泡眼见鲨鱼卵被同胞捕获，他希望能借助章鱼博士的帮助去陆地营救他的同伴。 　　人类对海洋的破坏越来越严重，而海里的动物们也似乎正准备联合起来拯救他们的家园……