大金使节达哈苏出使大明以求两国平和，六扇门接到使命护卫。却不料达哈苏抵达后，其副手俄然发问，里应外合占据了六扇门，目的是要杀死达哈苏，挑起两国战役。面临沦亡，同门惨遭屠杀，玄武小组打开拼死的激战。

　　京城出现天启通宝的假币，皇帝大怒，命六扇门彻查此事，玄武小组成员奉命调查此事，顺藤摸瓜发现巨贾柳百川与假币案有千丝万缕的联系，随着调查的深入，他们发现了柳百川的另一个身份，也由此离真相更近了一步。

　　张一奉命执行一项任务，不想却中了圈套。周冲带着祝英前去营救，里应外合救出张一，并从倭寇手中救出数名村民，将倭寇头子竹下一郎正法，投敌叛国的将军刘猛受到惩罚。周冲和张一祝英正式组成“玄武”小组。

一宗多年前的杀人案浮出水面，牵出一个在逃的杀手，六扇门捕快张一和刘魁联手侦查，发现案中有种种蹊跷，就在案情逐渐大白时，刘魁和张一的身份也浮出水面，刘魁为了张一牺牲了自己，而张一则决定和过去诀别。

一百零八好汉聚义梁山，随后在及时雨宋江的率领下接受朝廷招安，继而成为南征方腊的先锋军。两军对垒，小李广花荣（陈浩民饰）射杀对方的军师邓元觉，扬名沙场。平定叛军后，李广获封应天府兵马都统。在此之前，应天府一直由兵马副都统雷震（吴毅将饰）坐镇，此人高傲自大，专横跋扈，加上抱定了大奸臣蔡京的粗腿，因此对花荣毫不恭敬，时刻寻找陷害英杰忠良的机会。花荣凭借高超的武艺和豪爽重义的性格令应天府部分官员和绿林好汉的钦佩，而在此期间他还遇到了色艺俱佳的歌妓潇潇。殊不知这个女孩却和他有着纷繁复杂的渊源。\r未过多久，曾经方腊手下的神射手小养由基庞万春秘密潜入应天府，由此惹来连场纷乱……