电影《倭寇的踪迹》讲述了明朝倭寇被消灭后，贯城的四大武林世族，扬言打过了四家门口，就可在贯城武林开宗立派。但挑战者梁痕录不但被四大门拒绝，还遭到围捕，因为他的兵器是一把倭刀。经过一番争斗后，众人知道这把刀原来是多年前抗倭的戚继光戚家军的军刀，而这把刀和刀的主人，在大侠裘冬月（于承惠饰）“放下屠刀，宽恕众生”的行动中发挥了很大作用。

在风景如画的桂林，两户人家隔河相望，一家是武当嫡传的鲍笙凤（于承惠 饰），鲍家一连八个，皆为女儿，致武当剑法有失传之虞，鲍笙凤整日愁眉不展，更对对岸的少林一家怒目相视。十年前，少林弟子天龙（于海 饰）、二龙从强盗秃鹰（计春华 饰）一伙手中救下八名孤儿，师兄弟将八个干儿子辛苦养大，自己的终身大事却一拖再拖，两人属意鲍家大凤、二凤（丁岚 饰）多时，无奈鲍笙凤视少林为敌，定下十头牛换一门亲的苛刻条件。三龙（李连杰 饰）与七个兄弟为成全干爹和二叔，不舍不弃使出连番妙计，同时与三凤（黄秋燕 饰）在长期的对峙中互生了情意……另一方面，不甘十年前受创的秃鹰一伙派出奸细，试图进一步挑拨龙、凤两家关系，三龙为父为己的求婚之路，顿时荆棘密布……

故事发生在北宋年间，杨家将奉旨统领宋军杀向宋辽战场。杨宗保（罗晋 饰）是柴郡主（杨不悔 饰）的独子，自幼走马骑射。一天，为寻降龙木独闯穆柯寨，路遇代父出征的侠女穆桂英（苗圃 饰），穆见杨唇红齿白英武逼人，心中暗喜，她故意刁难杨宗保使其不能轻意如愿，杨宗保与其斗智斗勇，几番回合下来，英雄惺惺相惜，各自走入对方内心，虽说历经磨难，最后终成百年之好。边关吃紧传来噩耗，杨六郎（沈保平 饰）身陷敌营，关健时刻穆桂英巾帼不让须眉，她设巧计使六郎杀出重围。此时穆桂英身怀有孕，欲挂帅出征，众将不服。佘太君（斯琴高娃 饰）力排众议促其挂帅领兵杀向辽军大营......

藩王割据的唐朝末年，西北黄河流域的柳、段、李等王均想独揽天下大权，战事不断。柳王爷（计春华）攻下段王府，段王爷（靳德茂）弃府逃命时被黄河大侠马义（于承惠）救下，随后马义所在的村寨被柳王爷率兵血洗。这一切都被李王爷（赵志刚）看在眼里。马义结识江湖艺人车天（淳于珊珊），后者见他武艺高强，便怂恿他设场卖艺，敛下不少钱财。 　　李王爷派人游说马义，想将其收在麾下，不成后将其双眼毒瞎，马义误以为此事系车天所为，想杀之解恨，误会解除后两人成为生死兄弟。不久，段王爷迎马义入府，见其眼瞎但剑术依旧出神入化，便假以“恩公”相待，利用他先除掉了柳王爷。段王爷派杀手阻截李王爷，不成，转而欲杀其女真真（万琼）时，真真被恰好路过的马义救下。段王爷听闻，又生诡计，此时真真与马义已生出情愫。

多事的追命（郑中基 饰）、铁手（邹兆龙 饰）耍花招，撮合冷血（邓超 饰）、无情（刘亦菲 饰）这对小情人，神侯府上下正其乐融融，空气却传来浓烈的血腥味道，三里之外的城郊老宅，杀人凶案正在发生！　　四大名捕前往现场，奋力追凶。　　六扇门接获消息，捕神（成泰燊 饰）也带同姬摇花（ 江一燕 饰）等前来了解案情，双方合并追查，发现此案与六扇门早前追查的几宗灭门案有牵连。　　悬案未决，六扇门却在碑林发现了捕神的尸体，而此前正是诸葛先生（黄秋生 饰）约捕神在碑林见面，一切线索都指向了诸葛先生。为探明真相，诸葛正我回到碑林查看，没想到却碰到了一位绝迹江湖多年的老朋友。双方对峙之时，四大名捕和六扇门也相继赶到，再生枝节。六扇门将诸葛先生和无情收押天牢。　　四大名捕群龙无首，名存实亡。此时，王爷（李子雄 饰）忽访天牢，奉皇上旨意要即刻治无情死罪。铁血大牢之内，一场权力、仇恨、爱...