透が紫呉の家に住み始めてから一年が経とうとしていた。

高度发展的都市，拉塞尔市。　　在讴歌繁荣的这座城市中，动摇这个世界的巨大阴谋开始启动——　　立刻察知阴谋动向的男人索德，为了揭露阴谋而投身于不为人知的战斗当中。但他得到的线索却只有“El Dorado”这样的关键字而已。在战斗当中，索德遇到了一位名叫索菲亚的少女。索菲亚也在寻求着失踪的哥哥皇后留下的讯息“El Dorado”的含义。索菲亚失去了皇后，而索德也有过失去妹妹的过去。被“El Dorado”这一字句所吸引的两人，从对方身上感受到看不见的羁绊，并开始一同行动。　　就这样，各自的心意交错的旅程开始了——

故事发生在2029年，被病毒袭击的日本陷入了混乱之后被名为“GHQ”的暴力组织全面接手，政府逐渐成为了傀儡。在这样动荡的大环境下，樱满集（梶裕贵 配音）只是一名平凡的高中生，过着属于他的平凡生活，直到那个叫做楪祈（茅野爱衣 配音）的少女出现在他的眼前。 　　祈的真实身份为“葬仪社”的成员，这个社团以从GHQ的手上夺回日本自治权为目标不断进行着危险而残酷的战争。在组织首领恙神涯（中村悠一 配音）的引导之下，集成为了组织的一员，结识了同僚筱宫绫濑（花泽香菜 配音）和鸫（竹达彩奈 配音）等人。随着战斗的升级，各种迹象显示出集似乎拥有着神秘的力量，而躲在诸多敌人背后的究竟是怎样强大的存在，众人无从而知……

C.E.70年2月，地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候，少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后，背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后，他成为了ZAFT的战士......