哥斯拉突然從北極的冰中出現！哥斯拉擊沉核潛艇海洋號，更破壞北極的軍事基地後開始南下。同樣的時候，在太平洋製藥宣傳部，那公司為提高節目的收看率打算使用發俄島上的魔神，櫻井和古江的兩名宣傳人員便去了發俄島。他們發現島上出現的魔神就是金剛。於是把他弄暈帶到日本，不久在運送金剛的船遭日本政府攔截，但那時金剛突然從麻醉中甦醒，在運輸船上跑出來，游向日本，而且更在那須高原初次與哥斯拉對決。第1回合以哥斯拉的放射火焰取得勝利，金剛被打敗嗎？　　同時自衛隊正進行「火焰攻擊大作戰」，把汽油倒入河中然後燃點著火，哥斯拉竟然沒有直接渡過河流。不過哥斯拉在高壓電流前竟不能突破，還被嚇走了。　　另一方面，逃走了的金剛面對阻擋哥斯拉的電塔竟輕易被他突破，而且在發瘋地吃著美味的電流，金剛終於到達市中心，更捉了櫻井的妹妹作為人質登上國會會議廳，自衛隊便利用法羅島體細胞莓汁展開「美味果汁迷迷糊糊大作戰」莓汁從天而降，在空中爆炸灑落在金剛身上，令金剛暈倒了。　　自衛隊防止金剛破壞城市，又展開「氣球輸送大作戰」，大氣球綁在金剛身上，帶著牠往富士地區，被運送到富士高原的金剛，與哥斯拉再次決鬥，哥斯拉再把金剛打倒，更放出放射火焰令森林著火。幸好有股雷暴經過，閃電擊中金剛，電流被吸進金剛身體中，令他醒來，變成超級撒亞人般。　　金剛再戰哥斯拉，金剛使出雷擊拳，雙手找著哥斯拉的尾巴，然後三百六十度一轉把哥斯拉拋到另一處再戰，把熱海城徹底破壞，最後2頭怪獸更滾下山跌入海中。不久在海上只看到金剛的身影，哥斯拉被打敗了。　　其實東寶為了不想得罪美國，在故事中，哥斯拉是被打敗，但為鞏固哥斯拉在日本　　怪獸王的地位，卻在官網寫成平手！哥斯拉和金剛共戰3場，富士山1敗，電塔1勝，熱海城1勝。

　　导演率领拍摄组来到神秘的骷髅岛开始了一部电影的拍摄，女主角是漂亮娇小的安(娜奥米•沃茨 Naomi Watts 饰)，她在纽约的演艺事业陷入了低谷，这是她时来运转的大好机会。他们乘坐轮船来到岛上，却不知在岛上即将要险象横生。　　正当导演要开始开机拍摄时，他们遭到了当地土著的袭击，几个随行人员遇难身亡。摄制组慌忙逃离，幸好起航离去，却发现不见了女主角安。　　原来安土著野人抓走，被当作祭品。安尖声惊叫，引来了传说中骷髅岛的猩猩——金刚的关注。金刚在岛上很有霸气，连恐龙都要忌它几分。然而，野兽爱上了美人，金刚搭救安脱离困境，不料却让自己陷入了一场悲剧。

大金刚在军警围捕之下，终于从帝国下厦摔下受重伤，十年后，在乔治亚洲特兰大大学医疗研究，有机会再度复活。为此研发人工心脏，准备为她做换心手术，但要量同类的血液。正当大家一筹莫展时，米奇意外地抓到另一只母猿，并卖给政府以便进行手术，艾咪为此手术执刀，不料手术后的大金刚与母原从回原生地，逃开人类的控制，而被军队重重包围，大金刚被炮击而身受重伤。母猿亦在这次攻击受捕，为展开营救母猿、大金刚将再次肆虐人类……

上世纪70年代，一支集结了科考队员、探险家、战地摄影记者、军人的探险队，冒险前往南太平洋上的神秘岛屿——骷髅岛。他们的到来惊扰了岛上之神——史上最大金刚。经过一番惨烈的激战之后，探险队员散落在了岛屿各处。此时，队员们才意识到这次探险并不是一次单纯的科考任务，而是去探索怪兽存在的证明。在这片与世隔绝、危险密布的丛林，无数怪异的史前生物暗藏其中，时刻威胁着他们的生命。队员们还遇到了神秘的原始部落，金刚的身世和其守护岛屿的原因也被逐渐揭开，原来，恐怖阴森的骷髅岛上还蛰伏着更凶狠残暴的怪兽……

金刚王（释延能 饰）有这一段悲惨的童年遭遇，年幼的他遭奸人拐卖，被卖到了日本的哈迪斯神社，在那里，等待着金刚王的，是充满了鲜血和汗水的残酷训练，目的只有一个，那就是将他塑造成为令人闻风丧胆的冷酷杀手。 　　金刚王成功了，练就了一身技艺的他最终成为了组织内部的第一杀手，之后，金刚王借机逃回中国，并遇见了南少林宗师，放下屠刀立地成佛。没过多久，哈迪斯组织就在南少林的脚下建立起了一座高大的客家土楼，在那里，有着三个传说级别的擂台，各地高手汇聚于此，一争高下。然而，日方真正的意图，其实是从精神上摧毁中国人民抗日的意志和信心。得知此事，金刚王挺身而出，与自己的东家为敌，走上了擂台。