缅因猫兽的暴走，以及由此引发的重启。　　留下苦恼的芽心，太一等人前往数码世界。　　重逢的搭档数码宝贝们，失去了至今为止的全部记忆。　　即使如此也为了再次筑起羁绊，而伸出手去的被选召的孩子们，与回应此的数码宝贝们。　　但，唯有比丘兽即使进化为成长期，也依然表现出警戒……　　“所以说过去的事情我不知道啦！”　　面对比起自己更加优先关心他人的空的好意，比丘兽反而抱持着不信任感。　　对于因受伤而久久伫立的空，太一和大和找不到能对她说的话语。　　接下来，应该在数码世界做些什么才好——　　在商谈此事的众人面前，缅因猫兽突然现身，之后又消失了。他不知为何残留着原先的记忆，寻找着芽心，含泪彷徨着——　　看到这副景象，孩子们为了拯救缅因猫兽而对数码世界之旅下定了决心。但，他们的面前却出现了那个驱使黑暗四天王的男人的身影。　　此时，现实世界的西岛收到了姬川失踪的报告。　　调查此事的他，查出了姬川至今为止的行动背后隐藏着某个目的。　　此事还关联着决定了两人命运的过去的某件事……

　　看到搭档望月芽心被有着玄内样貌的神秘男人所伤，　　缅因猫兽再度开始暴走。　　“不能让你诞生在世上…”　　从现实世界消失的缅因猫兽，正是歪曲本身。是拥有过于巨大力量的，毁灭世界的钥匙——　　西岛大吾以及出现在望月博士之处的黑客兽，逐渐解明真相。　　保证世界调和的恒常性将现在变得过于强大的缅因猫兽视为危险，而要将其切除。　　随着暴走的缅因猫兽的出现，现实世界开始进入毁灭前的倒计时。　　其所波及的地点接连发生异变。因歪曲而现身的数码宝贝们，等待着那一时刻的来临——　　被选召的孩子们，受到异常的数码世界排斥，返回现实世界，　　却因为与搭档数码宝贝在一起而遭到人们的追赶。众人陷入孤立无援却仍然拼命地寻求对策，与此同时芽心独自一人持续烦恼着。　　同伴和数码宝贝的声音，都传达不到因背负过大的负担而遭受打击的她心中…　　之后，残酷的命运，甚至逼近了灵魂比任何人都率直纤细的八神光身边——

故事发生在明星学园的十年黑组之中，那是一个由十二名顶尖暗杀者所组成的神秘班级，这一次，致使她们齐聚一堂的，是一位名叫一之濑晴（金元寿子 配音）的平凡女生，她是这十二个冷酷杀手共同的目标。尽管身为众矢之的，但晴依旧信心满满，她的理想只有一个，那就是活到毕业的那一天。 　　东兔角（诹访彩花 配音）是十二名杀手之一，也是资历最老的前辈之一，然而，冷若冰霜的她却被晴的乐观和开朗渐渐吸引，杀心转变成为了爱心，最终，东兔角反而成为了晴的保护着。面对这曾经是同伴的另外十一人，东兔角能否保护晴免遭杀身之祸呢？又是谁要如此大动干戈夺取晴的性命呢？

　　小杰富力士（潘惠美 配音）自幼失去双亲，由婶婶抚养长大，自由的大海和幽深的森林培养了他得天独厚的敏锐和豁达。长大后的小杰偶然得知，自己的父亲并没有死亡，并且留给了他一个任务，这个任务就是：成为“猎人”，然后找到他。“猎人”，那个时代最风光的职业，经过层层挑战千挑万选，只有最最优秀的人才能够获得猎人执照，而有了这张执照，便可以在这个凶险的世界里更自如的生存下去。为了追随父亲的脚步，小杰上路了。这一路暗礁重重，但是小杰凭借自己的本能结识了优秀的朋友，志愿成为医生的雷欧力（藤原启治 配音），最后一个窟卢塔族酷拉皮卡（泽城美雪 配音），还有他这辈子最重要的同伴奇犽（伊濑茉莉也 配音）。此外，那宿命中的敌人们也出现了——幻影旅团。　　本动画为2011年MADEHOUSE公司的重制版，剧情上和旧版没有区别，但启用了全新的声优阵容，在制作上也更加的精美细致。

半数居民都拥有特殊能力的街道，咲良田。在负责监视能力者的“管理局”管理下，居民过着和平的生活。“想要消去眼前之人的泪水”、“想要将声音传达给某人”。伴随着这种温柔而又细微的“愿望”，这条街道的能力诞生了。　　拥有能够回想起过去体验过的全部记忆的“记忆保持”能力的浅井惠，以及拥有“最大能够将世界倒带3天”的“重启”能力的春埼美空。她自身也受到“重启”的影响而失去了记忆，但通过与决不会忘记任何事情的惠齐心协力，两人得以将过去重来，并改变现在—。　　但，也存在着即使是这样的两人也无法重来的“过去”。那是，两年前同级生相麻堇受到“重启”的影响而消失的事情。　　两人从属于名为“服务社团”的社团活动，一边过着完成学生们各种各样委托的每一天，一边寻找着能够让相麻堇复活的方法。这样的他们收到了一件委托——“希望让死去的猫复活”。　　为了消除在过去发生的“悲哀”，少年与少女穿...