草薙素子之后，巴特与侦探出身的陀古萨结为搭档。近期发生多起机器人偶杀害主人继而自杀的事件，由于受害者家属均无公诉，且死者中有政客与公安官员，于是公安9课派出巴特小组调查此案。杀人人偶皆为荒凉地带公司出品的哈德莉机型，应部分顾客要求，该机型同时具备异性玩伴的功能，巴特从荒凉地带公司出货官遇害入手，卷入与黑帮的战斗，期间有人入侵他的大脑，使其自残。 　　巴特决定直奔荒凉地带总部，他与陀古萨拜访了择捉岛上的黑客基姆，后者布下系统陷阱，幸有素子提出警告避免陀古萨陷入控制。依靠基姆这条线索，巴特登上了荒凉地带公司设立在海上的工厂船，素子再次降临他的身边，与其并肩作战。

二战后的十数年，日本从战败的阴影中逐渐走出，进入了经济高度增长的时代。然而强硬的经济政策也导致失业率的不断攀升，各种反政府武装势力不断抬头，安定的社会治安荡然无存。为了应对这一难题，政府建立了拥有高度自主权的首都圈治安警察机构，通过精良的装备和果断的武力来打击以“党派”为首的反政府组织。随着经济不断发展，崇尚暴力的首都圈警察和“党派”逐渐遭到民众的厌弃和孤立。

四月一日君寻（福山润 配音），有着异于常人的体质，他可以看到并且吸引各种鬼怪。他的好友百目鬼（中井和哉 配音）也是特殊能力者，有驱除妖魔的能力。在命运的牵引下，四月一日在壹原侑子（大原沙耶香 配音）的店里打工。这是一家可以帮人实现任何愿望的店，但是委托人必须付出对等代价。

高中生四月一日君寻（福山润 配音）有着令他十分困扰的灵异体质，他总是能在不知不觉的情况下吸引大量的灵体。一日，偶然中他踏进了一间魔法商店，遇见了美丽神秘的店主壹原郁子（大原沙耶香 配音）。郁子告诉他这是一件帮人达成愿望的商店，四月一日君寻遂许下了希望能解除特异体质的愿望，可是这愿望售价昂贵，四月一日君寻不得不在店里打工来付清欠款。此间，他结实了沉默寡言的白目鬼静（中井和哉 配音）、厄运缠身的九轩葵（伊藤静 配音），以及一只造型怪异的名叫魔可拿的宠物。 　　在打工的过程中，四月一日君寻接触了一系列与愿望有关的事件，他发现，这个世上有好的愿望，有坏的愿望，有单纯的愿望，却也有无论如何努力都无法达成的愿望。人性、命运、必然、偶然，这一切都在店主壹原郁子的掌控之中。

高中生四月一日君寻（福山润 配音），有着异于常人的体质，他可以看到并且吸引各种鬼怪。他身边的好友百目鬼（中井和哉 配音）和小葵（伊藤静 配音）都是特殊能力者，百目鬼有着驱除妖魔的能力，而小葵则有招来厄运的体质。在命运的牵引下，四月一日闯进了壹原侑子（大原沙耶香 配音）的店里，这是一家可以帮人实现任何愿望的店，但是委托人必须付出对等代价。于是四月一日委托侑子帮他远离鬼怪，作为代价，他留在店里打工。随后，他又结识了一个少女灵能力者，五月七日小羽。 　　因为长期留在店里打工，四月一日穿越在次元间，接触到各种不思议现象。而在这一季中，四月一日有了更多切身的经历，他更加清晰地看到了自己和身边人之间息息相关的命运。梦境与现实，前世与未来，原来一切都正如侑子所说的——这个世上没有什么偶然，有的只有必然……