专攻刑事案件的律师深山大翔（松本润 饰），热衷以其独有的方式调查案件中不为人所察觉的隐秘真相。当调查陷入僵局时，他就一边做着心爱的料理，一边梳理案件中的线索头绪，并凭借敏锐的观察力和推断力直捣黄龙。某天，在业内享有极高盛名的斑目律师事务所社长（岸部一德 饰）向大翔伸来橄榄枝，邀请他加入所内新成立的刑事专门办公室。坐镇该办公室的是在商务方面声誉颇高的佐田笃弘（香川照之 饰），此外还有热爱摔角的女性律师立花彩乃（荣仓奈奈 饰）。深山的办案风格固然令这两位反感，可是每当他执拗地抓住那微乎其微的关键线索时，这几名骨子里依旧热血赤诚的律师依旧全力以赴，不惜撞得头破血流。 　　这一切，只为了那被99.9%的有罪率所掩盖下的0.1%的真相……

日本的刑事案件中，被判处有罪的几率高达99.9% 在绝对不可能翻案的案情中，追查那仅剩的0.1%的可能性！ 松本润将继续饰演本作品的主角深山大翔，在微不足道的0.1%的可能性中，追查出能够说服自己的答案。 其搭档仍是精明能干的佐田笃弘律师（香川照之 饰），两人将继续携手揭露事实真相。 此外，第二季将会有前任法官尾崎舞子（木村文乃 饰）的加入。通过司法考试舞子在实习后成为一名法官，后因某个案件辞去法官一职。 有一天，她陪同好友来到斑目法律事务所，和坚持从0.1%中追求真相的深山意见相驳。 当初令她辞职的案件中，牵涉到她以前的上司，一名精英法官。这起案件究竟有这怎样的内情？斑目小组与这个男人的对峙将会有何战果？

本片描绘了在社会背后暗中活动、接受他人帮助的“影子军团”的活跃模样。以不起眼为极致的秘书们和管理不善的男子，利用绝密情报和网络，展现出了他们改变不讲理的日本社会的样子。

为了完成世界第一高难度手术Batista的论文，明真大学的加藤晶（稲森いずみ饰）找到了曾领导过“医龙”（即世界最高水平救命医疗队）的朝田龍太郎（坂口憲二饰）帮忙。虽然在技术上是超一流的天才外科医生，朝田却因过于强烈的自我风格而遭到某些人的厌恶，最后所有的医院都将其拒之门外。 　　来到明真后，朝田开始着手组建一支team完成手术，但他发现这里的医生似乎都是些碌碌之辈，不关心病人的死活，任何决策都以降低医院死亡率为出发点，就连直属上司野口教授（岸部一徳饰）也仅仅是将病人当作辅助自己登上院长之位的棋子。还由于对参与Batista这样高难度的手术所要承担的风险及手术成功带来的利益，每个人都心知肚明，惊涛骇浪般的明争暗斗一触即发。 　　谁也没有想到的是，朝田的理想team人选竟锁定在一群“边缘人”上，面对这么一支问题百出的队伍，所有的人都暗捏一把汗。

“医龙”再次归来！完成了日本第一例Batista手术收入后，由朝田龙太郎（坂口宪二 饰）率领的小队就被解散了。朝田回到了难民营，继续他的国际救援。之前任职的明真大学，格局也有所变化。前小组成员伊集院登（小池彻平 饰）、里原美纪（水川麻美 饰）等虽然还留守医院，但都因医院的情况精神不佳。 　　这时，一封不知来历的邮件发到了前小组成员的手上。邮件的内容是希望重组医龙小队。这个信息让小组的成员都感到既兴奋又忐忑。这时一位患者被送到医院，由龙太郎适时挽救了生命。借此机会，医龙小队又再次组建，一切都朝着好的方向发展着。但朝田似乎隐隐感觉着背后有人在操纵着这些事……