20世纪末，15岁的少年榊原恒一（阿部敦 配音）由于父亲前往海外公干的原因，于是来到亡母的家乡夜见山市，暂住阿姨三神怜子（宮牧美沙代 配音）家中等待转入新的学校。在此期间，他的旧病复发，入院治疗，某晚，恒一在空荡荡的走廊内邂逅一名穿着水手服、左眼戴着眼罩但阴气逼人的美少女，这似乎预示着一段不平凡生活的开始。病愈出院，恒一顺利转入夜见山北中学3年3班，同学们热情亲和，可是似乎对他隐藏着什么秘密，而且他也再次看见医院的那名眼罩女孩——同班同学见崎鸣（高森奈津美 配音）。当他尝试接近见崎时，殊不知自己已经无意间掣动了死亡的闸门……　　本片根据名本格派推理小说家绫辻行人的原著及经清原纮漫画化的原著改编。

总集篇剧情有改动承接明年2月复活新作 　　世界最大的国家·神圣布里塔尼亚帝国终于与黑之骑士团展开冲突。这正是鲁路修=面具男ZERO的计策。但唯一超出计算之事，令鲁路修感到困惑。那就是妹妹娜娜莉。另一方面，第2皇子修奈泽尔与黑之骑士团接触。他向扇和藤堂等人揭露了动摇他们统治的ZERO的秘密。战乱进一步激化，吞噬着 众人的愤怒与悲伤、执着与愿望。为了未来，现在应该去做什么？这就是零之镇魂曲。埋葬涂满憎恨的旧时代，开拓新时代的祈祷。鲁路修与朱雀的故事，迎来冲击的明日。

在美国曼哈顿举行的艺术品拍卖会上，一度被认为毁于二战空袭的梵高亲笔临摹向日葵系列2号画作惊艳登场。财大气粗的铃木财团顾问的铃木次郎吉（富田耕生 配音）一骑绝尘，以三亿美元天价将其收入囊中。在之后的记者招待会上，铃木宣布将联系分散在世界各地收藏家手中的向日葵画作集结在日本，举行一次梦幻展览。为此，他聘请毛利小五郎（小山力也 配音）、展览企划负责人圭子?安德森（榊原良子 配音）、画作鉴定师宫台夏美（荣仓奈奈 配音）等七位专家组成“七武士”团队为展览保驾护航。谁知怪盗基德（山口胜平 配音）从一开始便锁定该画作，他不仅大闹会场，还为了抢夺画作而险些炸毁运送专机。　　随着画展日期的临近，柯南（高山南 配音）与伙伴们必须尽快越过一座座难以想象的险峰……

光和2年。　　世界以重组的超合众国为中心统一，讴歌着和平的日子。　　但和平却突然宣告结束。以面具男·零的身份随娜娜莉同行去难民营慰问的朱雀，被谜之Knightmare Frame打败，　　两人被带走了。　　奉修奈泽尔的密命潜入战士之国·吉尔克斯坦王国的卡莲、罗伊德、咲世子，遭到神秘的Geass使用者袭击。　　而被袭击者称作“前向主”的C.C.也在那里。　　以曾经连神圣布里塔尼亚帝国的大军都击溃过的无敌王国为舞台，人们所描绘的愿望，是希望还是绝望？　　知晓Geass之事的吉尔克斯坦王宫众人，以及C.C.的心思究竟是——。

故事舞台是在现代的意大利都市，政府机关“社会福祉公社”表面上是收容重伤残障的少女给予医治和帮助职业训练的福利机构，但实际上是将收容的少女加以义体改造并投入药物加以洗脑制约使其成为对抗恐怖份子的尖兵。每位少女都搭配一位辅佐官，而这组合称为“fratello”是意大利语中“兄妹”之意，每位少女对其辅佐官都有制约造成的混合了爱情及亲情的绝对忠诚。跟社会福址公社敌对的恐怖组织是被称为“五共和国派”的组织。该组织的政治诉求，是响应以意大利北部为据点的“北部同盟”（Lega Nord）党首Umberto Bossi所提倡，意大利北部8省与中部3省（包括托斯卡纳（Toscana），翁布里亚（Umbria），马尔凯（Marche））应该自意大利共和国分离独立的主张，并依此实行武装抗争运动的组织（但在现实中的意大利并无此组织，真实存在的北部同盟也不支持恐怖活动）。