卡尔迪娅（早见沙织 配音）表面看来只是一个平凡的少女，但实际上全身上下都有着能将一切被触碰到的物体腐蚀的剧毒，这样的她终日生活在孤独之中，还遭到了军方的逮捕。一次偶然中，卡尔迪娅邂逅了名为罗宾（前野智昭 配音）的大盗，开朗乐观过于自信的他并不害怕卡尔迪娅身上的剧毒，两人结伴而行，前往伦敦，在那里，隐藏着卡尔迪娅的身世之谜。　　一路上，卡尔迪娅和罗宾遇见了形形色色的同伴们。吸血鬼猎人范海辛（诹访部顺一 配音）、智商超群冷静和善的弗兰肯斯坦（柿原彻也 配音）、有些轻浮但拥有超高智商的巴比康（森久保祥太郎 配音）。

　　新的学期开始了，外表凶狠但内心纯良的少年高须龙儿（间岛淳司 配音）决心利用重新分班的机会一扫往日同学对他的误解。更让他高兴的是，自己即将和暗恋了一年有余的栉枝实乃梨（堀江由衣 配音）成为同班同学。除此之外，还有多年的死党北村祐作（野岛裕史 配音）陪伴，一段崭新的高中生活展现在了龙儿的眼前。少女逢坂大河（钉宫理惠 配音）的出现吸引了龙儿的目光，并不是因为此人傲娇腹黑的别扭个性，而是因为在偶然中，龙儿发现，大河居然暗恋着自己的好友祐作。　　在相互坦白了暗恋对象后，龙儿和大河决定结成统一的恋爱战线，利用相互的帮助来完成各自的恋爱蓝图。但现实并没有想象的那么简单，在重重的误会和波折之中，两人似乎对对方都产生了超越友谊的情感。

特别编“AIR in Summer”于2005年8月28日和9月4日于BS-i放映。 AIR “Summer”编的故事在2005年1月6日的版本中已经包含，“Summer”编动画故事内容长度比游戏的故事短了很多，其中多半是被删减或压缩。由于播出时大受欢迎，而决定推出特别编“AIR in Summer”填补原电视动画版的空间。　　故事是在原TV版第8话中段开始接轨，加插了大量柳也、神奈和里叶出发去寻找妈妈的旅途中所发生的事情。该OVA包含了游戏Summer篇涵盖所有的内容（Summer篇本身为单线无选择），有认为该部分表现力比之游戏原作更为精彩，为整部动画添色不少。

在学校总是独来独往的羽濑川小鹰，在一次偶然的情况下，目击到总是摆出一副臭脸的美少女三日月夜空一个人很开心地自言自语。　　小鹰和夜空聊了一下该怎么交朋友的话题，没想到夜空竟然凭着莫名其妙的行动力成立一个以交朋友为目的的问题社团。而且也不知道是哪里搞错，问题美少女们还接二连三地申请入社！大家卯起来打美少女游戏电玩，一起去游泳、一起演戏。似乎一直没有抓对要领的他们，果真能交到朋友吗？

　　一个名为“阿卡姆”的民间组织受到远古文明留下的讯息启发而成立。旨在保护及封印超古代文明的危险遗迹。加入“阿卡姆”的特殊工作人员，人们称之为SPRIGGAN。其中实力No.1的特工是一位叫作御神苗优（森久保祥太郎 配音）的十七岁少年。在土耳其的一次调查工作中，“阿卡姆”竟无意地发现了诺亚方舟。方舟隐藏着毁天灭地的神秘力量，于是很多组织都开始窥伺这个传说中的远古遗迹。美国派出了半机械改造人小队与“阿卡姆”展开激烈的遗迹争夺战。而其中一个以神自称的改造人少年竟想私自利用挪亚方舟引发第二次洪水灭世……御神苗优是否能够阻止这一疯狂的计划呢？世界将会走向灭亡吗？