生化制药厂的老板Franklin（塞缪尔·杰克逊 Samuel L. Jackson 饰）提供大量资金供让Susan McAlester博士（萨弗蓉·布罗斯 Saffron Burrows 饰）研究抗老年痴呆症的药物。Susan和研究小组在设备精良的海底研究中心，提取鲨鱼脑中蛋白质，注入坏死的人类脑细胞。为了可以提取到萃取更多的鲨鱼脑蛋白，Susan也同时加大了鲨鱼们的脑容量。这一举动让本来作为试验品的鲨鱼们变得更为强壮和聪明。鲨鱼专家Carter（托马斯·简 Thomas Jane 饰）因和鲨鱼们朝夕相处时发现了鲨鱼们的异样，并向Susan提出了警告，却得到了Susan的无视。终于，在最后一次验中，那些曾经沦为人类试验品的凶残鲨鱼们向人类展开报复……

　　从最新发布的预告来看，影迷们可以期待和1999年第一部同样的水下“斗”鲨和血腥的场景。　　在续集中，丹尼尔·萨夫雷（Danielle Savre）饰演的鲨鱼保育人士被邀请来为一个和鲨鱼有关的高度机密项目做顾问，而该项目幕后的老板则是由迈克尔·比奇（Michael Beach）饰演的 制药界亿万富翁。　　本片的创意执行曾表示，“这是一部真正意义上的续集。我们希望继续保留《深海狂鲨》的精髓......续集中被用来做研究的鲨鱼来自第一部”。　　“我们已经赋予了片中的鲨鱼主角一个性格并寄希望影迷能接受这样的设定，因为这很有助于故事叙述并且还会达到第一部没有的一种效果。《深海狂鲨2》开始进度可能有点慢但一旦到了关键的情节点剧情就会开始进入佳境。”

　　美国历史上著名的密苏里号战列舰即将退役，盛大的庆典连总统也莅临。而老舰长的生日亦在这一天，舰上的厨师——雷白下士（史蒂文·席格 Steven Seagal 饰）正在全力筹备宴席，讨人嫌的副舰长奎尔与雷白发生冲突并将其关入冷藏室。一支劳军演艺队伍来到舰上，正当表演掀起高潮之际，劳军艺人们突然与奎尔同时行动，袭击船员并控制了密苏里号。“艺人”中的史崔尼（汤米·李·琼斯 Tommy Lee Jones 饰）原是中情局特工，精通舰只，他与奎尔合作，获得了舰上多枚携带核弹头的战斧导弹发射密码。军方被这一恐怖袭击彻底震惊，却又应对无法，此时从冷藏室逃出的雷白成为了他们唯一的希望……

警局干探斯米尔在一起处理激进分子恐怖袭击的案件中认识了曾经是缉毒警察的亚历克斯，斯米尔和亚历克斯拼尽全力保护下工厂，施特里贝克和激进组织头目死在了爆炸中，这一起阴谋也宣告结束。