《五星红旗迎风飘扬2》承接“两弹一星”的故事，从1970年4月我国第一颗人造卫星上天写起，着力塑造毛泽东、周恩来、邓小平等老一辈革命家运筹帷幄，在复杂多变和严峻的国际环境中，审时度势，从容应对，始终立于主动地位。为了维护祖国的主权、领土完整和民族尊严，他们进行的坚定而有理有力的斗争，在严重困难面前，他们带领全国人民，迎难而上，以不屈的姿态和昂扬的精神面貌去战胜和克服困难，终于走出了一条中国特色的社会主义道路。

　　故事发生在解放前夕，侠女龙飞飞在实施袭击国民党高官时，遭到了国民党军队的围追堵截，龙飞飞的几个姐妹在奋勇杀敌中先后被击毙，只有龙飞飞一人跳崖得以生还，之后，龙飞飞报仇的信念愈加强烈……一次次的袭击让江淮市驻军惶惶不可终日，龙飞飞所到之处敌军闻风丧胆。国民党侦缉处田处长调来了军中一枝花吉丽冒充龙飞飞并企图追杀她，在一次夜战中，龙飞飞身负重伤被解放军侦察员救获，从此龙飞飞走上了革命的道路，并成为了一名高级特工，被派往湖城展开地下工作。龙飞飞化名何娜，利用军统湖城分局少校谍报员的身份和利用军、警、匪之间的矛盾，把一批批敌人用作潜伏的军用物资安全运抵解放区……

初三三班最调皮的“学渣”王强（邢原源 配音）和“暴躁班主任”石妙娜（王博文 配音）意外互换了身体，压迫已久的王强过了一把当班主任的瘾，石妙娜也体会到了做“学渣”的滋味。石妙娜的公开课比赛日期临近，二人急需找到换回身体的方法，却遇到重重阻碍……

　　华夏集团董事长李秋山回到了阔别已久山区老家看望家乡儿童和乡亲，一幕幕心灵的碰撞让他激发起对自己童年的回忆……　　李秋山的妈妈是个间歇性经神病患者，爸爸在一次事故中去世，使这个原本不幸的家庭陷入了更加窘迫的境地。　　秋山为了不让患病的妈妈受刺激，爸爸过世的消息一直瞒着。年仅十岁的秋山担负起家庭的重担，他在邻居三奶奶和村主任等人的帮助下为妈妈买药，劝妈妈吃药，为了给妈妈买药治病，秋山去工地捡拾钢筋，捡矿泉水瓶、易拉罐。　　在长期与三奶奶的接触中，秋山了解到三爷爷牺牲前曾答应给三奶奶到泰山求块大红布做围巾，于是秋山暗自下决心：一定登上泰山给三奶奶求到做围巾的大红布！　　秋山几经周折为妈妈买来好药，妈妈看到药物病情发作，坚决不吃，并且还毒打了秋山。绝望的秋山跑到爸爸坟前哭诉。秋山被村主任等人找回后，却发现妈妈又不见了，众人连忙寻找。原来，妈妈意识清醒后悔恨得想要自杀，被秋山劝住，母子二人抱头痛哭。　　经乡镇两委研究，决定免除妈妈住院治疗费和秋山的学杂费。秋山的作文在征文竞赛中获得一等奖，秋山的事迹在全市传开，在社会各界和乡亲们的热心帮助下，也终于实现了他给三奶奶许下的承诺：在泰山极顶上，秋山手舞大红布高喊：“我终于登上泰山了！三奶奶，我给你求到做围巾的大红布啦……”　　呼声响彻天际，响彻云端……

漫画家刑智健(姜皓文饰)从商业大厦出来，即致电给爱儿天行(释小龙饰)，天行却听到电话另一头的父亲遭遇危险，焦急万分而无能为力。其实，这只是刑智健新作《天行者》的开场序幕，但现实竟与漫画不谋而合，刑智健在他完成新作《天行者》当天离奇被杀，而漫画的其中几页亦被烧毁。具有漫画天份的天行，决定补上缺失的几页，帮父亲完成这本漫画遗作。刑智健的女友嘉嘉(江芷妮饰)为了找出真凶，主动协助天行。当天行完成天行者时，他终于知道谁是凶手，到底谁是杀人凶手？天行又如何得知？