高级警官康Sir遭人杀害，临死前他销毁了所有卧底的资料，以保护这些游走在生死线上的兄弟。在此之后，警方开始着手恢复数据，与卧底们重新取得联系。女卧底阿钉（佘诗曼 饰）某天收到一条康Sir发明的密码，在刑警男友阿Q（吴镇宇 饰）的指挥下，她尝试与这名神秘卧底进行接触。另一方面，某披着合法公司外皮的黑道组织重要成员阿蓝（张家辉 饰）和邵志朗（古天乐 饰）联手袭击了竞争对手。这二人情同手足，在公司少壮派中风头正劲，如日中天。然而警方对他们行动的预判令阿蓝开始怀疑公司有内鬼存在。　　经过几番试探，阿钉终于与神秘卧底接头，可是莫大的危险也向她奔涌袭来……

王启聪（陈奕迅 饰）和李耀庭（郭富城 饰）是互不认识的重案组探员。聪大大咧咧不修边幅，庭辣手灵敏自命不凡。两个性格各异的警界精英因为一宗案件聚到一起，女警冯宝宝（郑希怡 饰）暂时成为他们的上司。 　　这宗案件由KEN（黄品源 饰）引发，他和女友打算盗窃一件价值连城的珠宝，还商量到手后就隐退江湖。结果却是螳螂捕蝉黄雀在后，他们盗来的宝物被另一伙人看上，他们追杀并捉走了KEN，女友则带着珠宝幸得逃走。她向警方提出要求：她愿意用这条项链，换回KEN的安全回来。 　　警方开始追查绑架KEN的黑帮。其间聪、庭和冯宝宝却意见各异冲突不断。案件的侦破困难重重。

女警杨菁菁与卧底台警程傲群和中警华志勇合作缉捕中国地下兵工厂的香港党羽。　　党羽首领阿Paul的妹妹Edna并不赞同兄长的行动，阿Paul的党羽阿Ben却对Edna有意，怎料Edna却一心一意恋上了恋勇。　　由于傲群与志勇的背景不同，二人常常发生冲突，傲群性风流，却暗中恋上了菁菁。Paul向中国兵工厂的首领买了大批枪械，同时声东击西地派人在湾仔抢劫，以分散警方的注意力。　　志勇与阿Ben争夺Edna的芳心，但Edna与Paul的关系暴露之后，Paul软禁了Edna，Edna企图报警及说服Paul报降，可惜Paul泥足深陷，最后死于傲群枪下，而傲群亦赢得了芳芳的芳心。

高级督察何尚生（刘青云）被劫持人质的劫匪伊健（郑伊健）点名到案发现场进行谈判，眼见伊健在现场的嚣张，何尚生斗意昂扬欲将其拿下，但被其逃脱。挫败激起何尚生的战意和好奇心，开始同伊健玩起“取赎金的游戏”来。　　何尚生收到伊健寄来的数件艺术品的残骸，在国际刑警Ruby（黄卓玲）的帮助下发现被破坏艺术品均在同一间国际级保险公司承保，猜想伊健意图勒索该保险公司，遂前往展开调查，而此时伊健恰好致电该公司高层Teresa（林熙蕾）勒索一千万，尚生即刻接手案件，却发现事情远非想象的那么简单。

闻名中外，曾担任美国赌场保安总顾问的魔术手石一坚（周润发 饰），终回流澳门退休，更宴请各方朋友到来庆祝生日宴。其中好友Benz哥（许绍雄 饰）与他的儿子晒冷（谢霆锋 饰）以及外甥牛必胜（杜汶泽 饰），更特别由香港来到澳门到贺。　　翌日，大陆、香港以及澳门三地警方，竟不相约 而同找上石一坚，希望他能够重出江湖帮忙对付DOA组织集团的高先生（高虎 饰），但坚却以退休为由婉拒了事。　　另一边厢，冷竟与牛必胜一起找上门，希望坚收他俩为徙弟，坚哥虽欣赏小冷，但奈何经已退休，只好拒绝，但看在Benz哥份上，就招待他一夜。谁不知，当晚竟遇上了杀手（张晋 饰），杀手们不问原因直接追击小冷以及坚哥爱女阿彩（童菲 饰）。期间虽有中国公安洛欣（景甜 饰）相救，但阿彩终难逃一劫，被害至失忆。　　明查暗访下才知道，幕后的黑手竟是高先生。事情又岂会是无缘无故发生，坚与小冷二人连手，加...