革命历228年，E.U.联盟联军少校蕾拉·玛露卡尔（坂本真绫 配音）和中尉阿基德（入野自由 配音）在巴黎期间化险为夷，将企图绑架吉恩·史麦拉斯将军（石冢运升 配音）的11区日本少年成濑幸也（松冈祯丞 配音）、佐山流（日野聪 配音）和香坂彩乃（日笠阳子 配音）招募到W Zero部队。在另一边的帝国内，信·修加·夏音度（松风雅也 配音）成功篡位，被封为圣米迦勒骑士团的团长，即将迎来和阿基德的宿命重逢。E.U.联盟对成濑等人充满不信任感，时刻密切监视着他们。不久，联盟决意将W Zero部队空投至帝国的腹地华沙执行死亡任务。蕾拉坚持和阿基德以及新加入的三个战士同往，等待他们的是圣米迦勒骑士团的强敌……

混沌初开，世界分成东西二星，隔空向往，在龙之御使的守护下发展出迥异的文明。正值战国乱世的东之星，尾张傻瓜织田信长（宫野真守 配音）和属下明智光秀（樱井孝宏 配音）、丰臣秀吉（梶裕贵 配音）目睹了武田家强大战铠的惊人威力，内心受到极大触动。与此同时，西之星的美丽少女贞德·辉夜（日笠阳子 配音）因为能够听到天启，而被人们看作是恶魔附体的人。某天她遇见天才发明家列奥纳多·达芬奇（杉田智和 配音），达芬奇偷偷开走竹取号，带着贞德和最新研发的战铠“奥世铠”来到东之星。信长意外启动了西之星人无法操控的奥士铠，他俨然成为了传说中的救星王。他为贞德取名兰丸，这个女子从此成为愚者信长生命中最重要的存在。　　战国乱世，东之星和西之星的乱战也即将拉开序幕……

　　小时候，日向翔阳从电视上看见排球比赛，乌野高中的一名小个子在球上的英姿，简直就是个“小巨人”。他对此印象非常深刻，并开始迷上排球，一直想成为“小巨人”一样的人。初中时排球部不够人数，他只好默默等待，后来在终于有新成员加入后，参与了第一次也是最后一次的比赛，然而他们不幸与最强队伍对决，结果当然落败了。单凭自己的话，是绝对没办法看见那景色的，不是自己一人的话，或许就能看见了。为了能够打出“胜利”的比赛，翔阳努力考入乌野高中，为实现成为“小巨人”的排球梦想而努力着！

双叶翔太郎（土屋神叶 配音）是一名刚刚升上高中的校园新鲜人，初三那年夏天，因为被苍高男子艺术体操社的表演所吸引，翔太郎选择考入这所学校，并且加入了体操社，在这里，他结识了一群志同道合的伙伴们。　　具备高超的实力但总是拒人于千里之外的美里良夜（石川界人 配音）、温柔可靠，课余兴趣是栽培盆栽的副社长筑馆敬助（近藤隆 配音）、社里唯一的正常人女川长吉（下野纮 配音）、外表看上去有点吓人但性格十分细腻善良的亘理光太郎（神谷浩史 配音），和这些可靠的前辈们在一起训练，翔太郎虽然对艺术体操一无所知，但凭借着自己的天赋和努力的汗水，他迅速的成长着。

卯野咲（大桥彩香 配音）和御翔樱世（三泽纱千香 配音）组成了偶像团体“Magic Twin”，组合尚处于练习生的阶段，虽然两人每天都积极的展开着演艺活动，但人气始终都只能用平平来形容。樱世的哥哥桃拾（丰永利行 配音）也是出道偶像，隶属于人气爆棚的组合“STAR☆PRINCE”，咲一直深深的爱慕着桃拾，希望通过自己的努力能够有朝一日成为配得上他的女人。 　　一次偶然中，咲遇见了来自魔法世界的吉祥物可可洛（一条和矢 配音），并且在误打误撞中签订了契约成为了魔法少女。让咲没有想到的是，自己魔法少女的形象竟然是一个胸肌发达的男人！就这样，咲以男子之身肩负起了拯救世界保护爱人的重担。