在暑假结束後的第一天，一名因为意外而回到过去的大佐基利亚共和国驾驶员，对渡瀬青叶展开了袭击。弓原雏为了保护渡瀬青叶，也乘上了自己的机体，与敌人展开战斗。但最后两人却因为又一次的意外，来到了未来的世界。在转移过程中，弓原雏只留下了“迪奥正在等你”的讯息，就随即消失了……

在亚美斯多利斯期间，爱德华?艾尔利克（朴璐美 饰）和弟弟阿尔方斯（钉宫理恵 饰）遭遇了还有两个月就可以刑满释放的越狱犯梅尔文（森川智之 饰），结果发现对方拥有不输于艾尔利克兄弟的强大炼金术。根据梅尔文在监狱留下的蛛丝马迹，兄弟二人前往西方的大国古雷达调查。在这里他们的火车遭到神秘黑蝙蝠的袭击，同时也遇到了梅尔文寻找的少女茱莉亚?克莱顿（坂本真绫 饰）。一番混乱之后，他们相继来到位于地下的贫困之镇米洛斯。米洛斯是大国夹缝中的牺牲品，而她的人民也决定利用圣星的利用重新复兴祖国与民族…… 　　本片根据荒川弘的漫画原著改编。

小智（松本梨花 配音）带着皮卡丘（大谷育江 配音），和同伴们继续前行在冒险的旅途之中。路上，一行人遇见了带着神奇宝贝胡巴（钉宫理惠 配音）的少女麦亚丽（中川翔子 配音）。胡巴能够制造出神奇的时空圆环，带领大家在不同的地点来回穿梭。　　地处沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦到了，曾经，在这里发生过一场声势浩大的神奇宝贝战争，亦是因为这场战争，这里才成为了干涸少水的沙漠。在这里，麦亚丽和哥哥巴尔扎（藤原龙也 配音）汇合了，让大家没有想到的是，巴尔扎竟然得到了封印着可怕神奇怪手的瓶子。在误打误撞之中，封印被解开了，那个曾经终结过迪赛鲁西坦的可怕怪兽重见天日，而它的真实身份，竟然是超胡巴（山寺宏一 配音）。

　　在每一个角落都被探索完毕的世界中，唯一残留的秘境——大洞穴“阿比斯”。　　不知道延续到何方，深不见底的巨大纵向洞穴，　　栖息着奇妙奇怪的生物们，　　沉眠着现在的人类无法制造的贵重遗物。　　“阿比斯”那充满了不可思议的姿态吸引了人们，并驱使人们展开冒险。　　如此，多次挑战大洞穴的冒险者们，　　陆续得到了“探窟家”的名号。　　住在建造于阿比斯边缘的城镇“奥斯”的孤儿莉可，　　梦想着有朝一日成为母亲那样伟大的探窟家，并解开阿比斯的谜团。　　某天，以母亲莱萨的白笛被发现为契机，　　莉可决定潜入阿比斯深处。　　被莉可捡到的丧失记忆的机器人雷格，　　也为了寻找自己的记忆而决定同行。　　莉可在深界四层中了穿弹兽的毒。　　救了莉可的，是“生骸”娜娜奇。　　娜娜奇也成为两人的同伴，三人的冒险向着波多尔多所在的深界五层进发。　　在那里，他们遇到了一位自称为普鲁修卡的女孩子……

讲述小新等人组成的春日部防卫队受风间之邀，前往一所高档的私立学校体验生活，但风间却在体验入学后不久因奇妙的原因变成了一个“笨蛋”。春日部防卫队将和这所学校的学生会会长一起，克服一道道难题