スマートフォン向けゲームアプリ「チェインクロニクル」をテレビアニメ化し、放送に先駆けて劇場で上映するシリーズ全3章のうちの第1章。いくつかの領地に分かれ、それぞれの地に王をいだく最果ての大陸ユグド。各勢力による小競り合いはあるものの、王たちの円卓会議で選ばれた「盟王」により、各地の力関係はバランスを保っていた。しかし、そんなある日、ユグドに暗黒の魔物「黒の軍勢」が現れる。監督は「劇場版BLEACH ブリーチ」でキャラクターデザインや作画監督を務めた工藤昌史。アニメーション制作は「ルパン三世」のテレコム?アニメーションフィルムと「楽園追放 Expelled from Paradise」を手がけたグラフィニカ。

高町奈叶（田村由香里 配音）是一位平凡的高中三年级学生，某日，在上学的路上，她同来自异世界米德其路达的尤诺（水桥香织 配音）相遇了。尤诺告诉奈叶，她正在寻找遗落人间的太古遗产“圣石之种”，这种珍贵的宝物蕴藏着巨大的能量，如果弃之不顾有可能在人间界造成巨大的破坏，接二连三的波折之后，奈叶成为了帮助尤诺回收种子的魔法少女，开始了一段充满了危险和刺激的奇幻旅程。 　　某日，一位名叫菲特（水树奈奈 配音）的金发少女出现在了奈叶的面前，她和奈叶一样同为回收种子的魔法少女，也就是说，她们的关系是竞争者。奈叶能够打败这样一位强劲的对手吗？对于菲特来说，温柔而又努力的奈叶又是一种怎样的存在呢？

时值2007年的秋天，北原春希（水岛大宙 配音）是一位就读于峰城大学附属学园的平凡高中三年级学生，为了替自己的高中生活划下完美的句号，春希加入了轻音乐同好社团。可是，惨淡的经营让这个本就默默无闻的社团几近崩溃，春希的美好愿望眼看着就要破灭。 　　一次偶然中，正在独自弹奏吉他的春希突然听到一段美妙的歌声，追寻着这声音，一个名叫小木曽雪菜（米泽円 配音）的女生出现在了春希的面前。雪菜是学校里的偶像人物，之后，雪菜经由春希的邀请加入了轻音部。紧接着加入的是能够弹奏一手好钢琴的女生冬马和纱（生天目仁美 配音），和纱的叛逆和不羁人尽皆知，可即便如此，春希还是热忱地邀请了和纱“入伙”。

银河鲸鱼并非像传闻中那样是无意识的植物生命体，它们有着人类无法理解的高智慧。　　特别是其中一条最大的白鲸，它永远在伫列中保护同伴。　　鲸鱼每年回游是来为同伴送葬，他们中活满七千岁的要降落在“鲸鱼的坟场”化为无机能量。　　而白鲸则是同伴的守护使者，它违背了七千岁的规律已经活了几百万年之久......　　在银河边缘的 67 惑星域，有一颗小小的卓拉星。　　每年固定的时间，“银河鲸鱼”就成群地向这里回游，成为这里一个着名的景观。　　所谓“鲸鱼”并不是指那些海洋中的哺乳类，“银河鲸鱼”是一种类似大型真菌的植物体。　　在它们的身体里充斥着大量的能量体，是上佳的宇宙船燃料。　　也因此它们成为偷猎者竞相追逐的目标。　　在卓拉星的鲸鱼回游季节里每年都会有大批的偷猎者赶来，为了利益，他们不惜与当地宇宙防卫队战斗。　　他们驾驶着老旧的变形战机（多是 VF-1）冲向鲸群。　　就在这样一个多事的季节里，手拿吉它的问题少年来到了卓拉，他就是“火焰乐队”的巴萨拉......

　　2013年，都市NO.6。这里是一个没有犯罪，没有疾病，没有战争，没有所谓痛苦和怨恨的理想国度。一直这么认为的12岁天才少年紫苑（梶裕贵 配音）和母亲住在NO.6的高级住宅区，在一个暴风雨的夜晚邂逅了颠覆他世界观的人——伤痕累累，有戾气的少年老鼠（细谷佳正 配音）。对老鼠感到好奇和好感的紫苑不但没有感到害怕还救了老鼠，结果被认为窝藏嫌疑犯，被剥夺了所有特权，继而沦为了公园管理员。　　经历了这场变故的紫苑对所生存的理想世界产生了怀疑，城市里也频繁发生恐怖的死人事件。而这些事件和NO.6有着千丝万缕的联系，愈发困惑的紫苑不知自己已处在生死边缘，在关键时刻，被四年不见的老鼠所救，来到了NO.6外圈的贫民区。在这里，紫苑逐渐认识到了NO.6的真相，而危险远没有离开他们……