延续TV版的主线剧情，继续讲述从战场回来的少女薇尔莉特·伊芙加登为了理解“爱”的含义而从事为有需要的人们写信传情的工作。薇妹一直挂念的少佐的下落大概率会在这部剧场版中讲述。

旅行中的奇诺和艾鲁梅斯来到了一个科学高度发达的文明国家。在安定的环境下，该国家人民均生活在巨蛋之内。一方面，这个国家是由杰出人士们创造出来的“开拓地”，然而另一方面，他们又同时渴望着巨蛋之外真实的阳光和土地。

动画剧场版《命运之夜—— 天之杯：恶兆之花》，是TYPE-MOON发售的文字冒险游戏《Fate/stay night》中第三条剧情线，简称“HF”或“樱线”。在故事中，圣杯是传说中可实现持有者一切愿望的宝物。7位御主（Master）和7位从者（Servant）为了得到圣杯而相互厮杀的仪式被称为圣杯战争。 　　「圣杯战争」发生十年后，冬木市再次迎来了战争，一股不安的氛围笼罩着全城。有人暗施诡计，让这场战争开始逐渐陷入混乱……

在人与妖怪之间过着忙碌日子的夏目，偶然与以前的同学结城重逢，由此回忆起了被妖怪缠身的苦涩记忆。此时，夏目认识了在归还名字的妖怪记忆中出现的女性·津村容莉枝。和玲子相识的她，现在和独子椋雄一同过着平稳的生活。夏目通过与他们的交流，心境也变得平和。但这对母子居住的城镇，却似乎潜伏着神秘的妖怪。在调查此事归来后，寄生于猫咪老师身体的“妖之种”，在藤原家的庭院中，一夜之间就长成树结出果实。而吃掉了与自己形状相似果实的猫咪老师，竟然分裂成了3个——！？

1943年 欧洲战场局势神秘莫测，卡特兰的异形军横行霸道，不可一世，令世界笼罩在恐怖与死亡的阴影中。关键时刻，一群少女挺身而出，与邪魔军团展开殊死较量。这些少女被称为“魔法少女（Witch）”，自远古时代她们便冲锋陷阵，凭借深藏体内的魔力与各种威胁人类存在的怪兽展开搏斗。在魔法少女组成的机械化航空步兵的阻击下，异形军最终败退，而这群女孩也功成身退，散落世界各地。美丽少女宫藤芳佳（福圆美里 配音）即是其中的一员，战后她返回故乡扶桑皇国，以成为优秀的医师作为奋斗目标。这一天，扶桑皇国海军学校一号生服部静夏（内田彩 配音）前来拜访，邀请芳佳前往欧洲的威尼西亚公国留学。　　身怀绝技的美丽魔法少女们从四面八方再次云集，欢乐玩笑之际，却不知贼心不死的异形军正悄悄逼近……