- 故事讲述的是一群疯狂的科学家,为了自己的梦想,研制出一套只需要少许基因便可复制出宝可梦的机器,并把发掘到的世界最强宝可梦复制成了拥有比梦幻更强能力的超梦。但当超梦醒来后,却因无法找寻到真正的自我而暴走。火箭队的老大出现在超梦的面前,用花言巧语把迷失自我的超梦拉拢过来为自己办事,但没过多少时间,超梦再次对自我感到迷茫。超梦回到那个复制它的岛屿,决定开始它的复仇之战。
- 宇宙世紀(U.C.)0093年,成為新吉恩總帥的夏亚·阿兹纳布尔對於依然被地球重力所束縛的人類靈魂感到絕望,決心以激烈的手段加以肅正。查知此事的地球聯邦軍王牌駕駛阿姆罗·雷與其所屬的朗德·贝尔艦隊一起與夏亚所領導的新吉恩軍展開最後的決戰...