本作是为了纪念在1996年起开始的《游戏王》系列漫画连载二十周年所推出的动画电影。　　在跨越无数的试练后，武藤游戏与身体内的另一人格“暗游戏”进行最终决战并获胜，在作出正式诀别后踏上各自的旅途。　　在经历一段时间后，游戏等人重新回归平凡的生活。然而，一名自称蓝神的神秘少年却出现在他们的眼前。另一方面，将暗游戏视为劲敌的海马濑人，在暗游戏消失的地方发掘“千年积木”并打算将其重新完成，试图再度复活暗游戏。

　　テレビシリーズの後日談を、映像ソフト化の際に3編の新エピソードとして追加収録したもの。日々の平穏を取り戻した純太は、いよいよ幼なじみの亜美に告白する。ところが未来に帰ったはずのかりんが、任務の延長ということでまた現代に戻ってきた。彼女が原因で生まれてしまった、純太が姿を変えるメガプレ（＝最強の女たらし）に戻らないかを監視するためというが……？　　新ヒロインとして未来からやってきた""るらら""が登場。原作とは設定が多少異なっている。