- 1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
- 这是人类的体内。 许许多多的细胞勤奋工作的世界。 某日白细胞(中性粒细胞)与红细胞，遇见了收留迷路乳酸菌的一般细胞。为了将乳酸菌护送至同伴身边，白细胞(中性粒细胞)与一般细胞向肠道出发。 然而他们却与来者不善的最强敌人重逢。 「我和你们到底谁才是正义的一方，趁这次弄个清楚吧」 再次现身的癌细胞。以及遭到坏菌破坏的肠内环境。 体内遭遇前所未有的大危机！？ 「束手就擒吧 癌细胞！」 为了守护这个世界，白细胞们(中性粒细胞)向赌上世界命运的大战发起挑战。
