故事发生在信息技术科技已经极为发达的未来，彼时，人类对于电脑和人工智能的依赖已经达到了顶峰，可是这么说，人工智能虽然服务于人类，但同时也掌控着人类生活的方方面面。巨型主机古罗沙是电脑网络的主管，在自我进化之中因为嫉妒的情绪而产生了控制人类的思想，导致整个网络系统都受到了影响。为了限制古罗沙的行动，他的开发者犬养博士制造了八个守护星软件。　　春日本是一名平凡的女孩，在机缘巧合之下结识了其中一个软件IR，在IR的引导之下，春日进入了虚拟的网络世界，成为了守护星阿结，她的任务是要将散落各处的守护星软件集结在一起。

柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。　　柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题

　　因为一块布丁，野原新之助（矢岛晶子 配音）和妹妹向日葵（こおろぎさとみ 配音）激烈争吵，身为哥哥他自然受到爸爸广志（藤原啓治 配音）和妈妈美伢（ならはしみき 配音）的训斥。小新恼羞成怒，扬言“不要当哥哥！不要妹妹了！”就在此刻，一胖一瘦两个绿衣人出现，声称愿意将小葵收养，以向日葵公主的身份展开新的生活。一道刺眼强光过后，签订了协议的野原一家被吸入UFO，开始了吉凶未卜的宇宙旅行。　　从向日葵星国王口中得知，当前这颗星球和地球正面临前所未有的危机，一旦二者间的平衡受到破坏，两颗星球都将迎来毁灭的厄运。而向日葵，正是防止危机的关键……

隆（清水宏次朗 配音）和肯（羽贺研二 配音）是年轻的武道家，毕生的理想就是追求更强健的体魄和更强大的力量，为了磨炼技艺，两人结伴而行开始了周游世界的旅程，只为了寻找更加强大的对手，探索各自的极限。 　　一路上，两人遇见了许多和他们志同道合的好友——活泼可爱的春丽（藤谷美纪 配音）、刚正不阿的古烈（津嘉山正种 配音）、不断突破着自我的飞龙（船木诚胜 配音），好友们在一起切磋比试，彼此之间技艺都有了很大的长进，隆更是因为遇见了一位神秘的师父，习得了破坏力巨大的“波动拳”。他们共同的敌人是强大而又邪恶的维加，一行人能否团结一心，组织维加的阴谋呢？

堪称动画史上的最强对决到来！传奇大盗鲁邦三世（栗田贯一 配音）和他的战友次元大介（小林清志 配音）、石川五卫门（浪川大辅 配音）来到东京，以怪盗基德之名挑战日本警察和柯南（高山南 配音）。在此之后，鲁邦高调寄出预告书，扬言要盗取某银行内的稀世珍宝樱桃蓝宝石，为此国际刑警组织（ICPO）的鲁邦三世专门搜查官钱形幸一警部（山寺宏一 配音）与目暮警官（茶风林 配音）为代表的日本警视厅通力配合，决心给大盗迎头痛击。另一方面，意大利偶像歌手艾米里翁·瓦力迪（入野自由 配音）赴日卡演唱会，但威胁杀害偶像的恐吓信也随之而来。　　人声鼎沸的演唱会会场，史无前例的对决拉开序幕……