故事是发生在Milo与Kida留在亚特兰提斯之後的事情。几艘货船途经亚特兰提斯北方的海面遭受攻击，於是Milo  、Kida跟随来访的探险小组一同展开调查，却发现攻击者并不是机器龙虾，而是其他神秘的力量。渡过这次危机之後，Kida  为了找出魔幻水晶最适合的安排方式，便和  Milo  与探险队员踏上旅程，她要查出为何当初她父亲要把水晶隐藏起来，害他们的文明差点毁灭。他们也要做出决定，到底该把魔幻水晶拿来运用呢？还是将其永远隐藏起来？

转眼间已经是1979年，第二代教父麦克?柯里昂（阿尔?帕西诺 饰）到了垂暮之年，为了灵魂的救赎，麦克慢慢结束家族的黑道事业，转投正当生意。　　麦克的儿子托尼酷爱艺术，无意接手家族事业，迈克尔决定让大哥逊尼的私生子，火爆好色的文森（安迪?加西亚 饰）继承家业，当第三代教父。麦克的爱女玛丽（索菲娅?科波拉 饰）和文森相恋，遭到父亲的反对，父女渐渐疏远。　　为了使家族资产合法化，麦克通过在梵蒂冈教廷的关系网，准备投资“屹立”集团，却遭到敌人的暗中阻挠，教皇的去世也让事情更加扑朔迷离。　　麦克无奈之下，只能重新选择用暴力解决问题，他的亲人也被卷入了这场血雨腥风。